ابراهیم رئیسی اولین انتصاب‌ها در دولت خود را انجام داد.ابراهیم رئیسی به عنوان اولین انتصاب دولت خود، محمد مخبر را به عنوان معاون اول انتخاب کرد. مخبر پیش از این با حکم آیت‌الله خامنه‌ای از سال 86 به مدت 14 سال عهده‌دار ریاست ستاد اجرایی فرمان امام بود، که یکی از پرحاشیه‌ترین هولدینگ‌هایی است که تحت اختیار رهبر انقلاب اسلامی قرار دارد.
با وجودی که سال‌هاست اقدامات اقتصادی هولدینگ ستاد اجرایی مورد انتقاد بسیاری از کارشناسان قرار دارد، اما در ماه‌های اخیر به دلیل مشارکت ستاد اجرایی در ساخت واکسن کرونا به نام کوو ایران برکت، و همچنین کمک مالی کشور به این ستاد که خود بیشترین منابع مالی کشور را در اختیار دارد، اقدامات این نهاد به حوزه عمومی کشیده شده است و بسیاری از مردم عادی نیز از مداخلات اقتصادی این نهاد مطلع شده‌اند.
پرداخت حدود یک میلیارد دلار از صندوق ذخیره ارزی به این نهاد برای ساخت واکسن برکت از یک سو و فروش واکسن برکت به دولت، با قیمتی بالاتر از سایر واکسن‌ها از جمله انتقاداتی است که در ماه‌های اخیر انتقادات زیادی را متوجه ستاد اجرایی و به ویژه فعالیت‌های آن برای ساخت واکسن کرده است.
برخی تحلیل گران تاخیر جمهوری اسلامی در خرید واکسن را در ادامه تلاش ها و رایزنی‌های ستاد اجرایی برای ساخت واکسن به جای خرید واکسن و کسب منافع مالی از این طریق می‌دانند. به گفته کارشناسان تاخیر در خرید واکسن که به فاجعه‌ای انسانی در ایران تبدیل شده و هر روز به مرگ بیش از 1000 نفر طبق آمار رسمی و حدود 500 نفر طبق آمار رسمی می‌انجامد، تنها به این دلیل صورت گرفته است که ستاد اجرایی با ساخت واکسن برکت بتواند منافع اقتصادی گسترده‌ای را از این طریق در هلدینگ تامین کند.
این در حالی است که ستاد اجرایی با وجود در اختیار داشتن منابع عظیم اقتصادی و همچنین دریافت منابع مالی مجزا از دولت نه تنها در مشکلات اقتصادی کشور سهمی ندارد و در دوران حسن روحانی که با محدودیت‌های مالی گسترده‌ای مواجه بود، تلاشی برای کاهش مشکلات و معضلات مالی دولت نکرد، علاوه بر این، دارای شفافیت اقتصادی نیز نیست و با وجود گردش مالی بسیاری بالایی که در آن وجود دارد، مالیاتی هم به دولت و ملت ایران پرداخت نمی کند.
برخی تحلیلگران گمانه زنی می کنند که با توجه به مشکلات اقتصادی گسترده ای که دولت با آن مواجه است، و با توجه به اینکه علی خامنه ای اصرار دارد که دولت مورد قبول و پسند وی دولتی موفق نشان داده شود، این احتمال وجود دارد که حضور مخبر در دولت ابراهیم رئیسی با توجه به اشرافی که وی به فعالیت های اقتصادی هلدینگ عظیم اقتصادی ستاد اجرایی دارد، می تواند پیش زمینه تصمیم حکومت برای استفاده از منابع اقتصادی ستاد اجرایی برای حل نسبی معضلات اقتصادی کشور باشد.
علاوه بر محمد مخبر، ابراهیم رئیسی رئیس طی حکمی غلامحسین اسماعیلی را نیز، که پیش از این سخنگوی قوه قضائیه در دوران ریاست رئیسی بر قوه قضائیه بوده است، به سمت رئیس دفتر رئیس‌جمهور منصوب کرد و به این ترتیب با انتصاب معاون اول و سخنگو فعالیت اجرایی دولت سیزدهم در عمل آغاز شد.
برخی گمانه‌زنی‌ها حاکی از این است که لیست وزرای ابراهیم رئیسی نیز آماده است و به زودی به مجلس تحویل داده خواهد شد و مجلس به زودی بررسی صلاحیت‌ها را آغاز خواهد کرد.
