در حالی که کورونا مجلس را در کنار دیگر نهادها و بخش‌های کشور به تعطیلی کشانده، و امکان بررسی بودجه نودو نه را متوقف کرده است، خامنه‌ای با صدور دستور حکومتی، تصمیم‌گیری درباره تصویب بودجه سال نودو نه را که در مجلس کلیاتش رد شده بود را به عهده شورای نگهبان قرار داد و مانع از انتقال آن به مجلس آینده شد. نمایندگان مجلس در اولین هفته کاری مجلس بعد از انتخابات مجلس یازدهم، کلیات لایحه بودجه دولت روحانی برای سال آینده را رد کرده بودند و آن را برای بررسی بیشتر به دولت بازکردانده بودند. اما با توجه به تعطیلی مجلس به خاطر کورونا به گفته‌ی نمایندگان دیگر امکان بررسی لایجه بودجه توسط مجلس فعلی وجود نداشت و لایحه بودجه به سال آينده و خردادماه و مجلس جدید محول می‌شد. موضوعی که امکان انجام آن برای شرایط اضطراری کشور وجود ندارد و امکان تصویب بودجه سال ۹۹ با چهار ماه تاخیر وجود ندارد ودولت نمی‌تواند چهار ماه با ردیف‌های بودجه‌ای سال گذشته به فعالیت خود ادامه دهد.
کورونا همچنین موجب صدور حکم حکومتی توسط آیت‌الله خامنه‌ای برای ادامه سرپرستی بر وزارت کشاورزی نیز شد. معرفی وزیر کشاورزی به مجلس، به علت تعطیلی مجلس به خاطر کرونا به تعویق افتاده است.
بنظر میرسد آیت‌الله خامنه‌ای در چند ماه اخیر به جای نمایندگان مجلس به تصمیم‌گیرنده‌ی اصلی در خصوص اقدامات مجلس تبدیل شده است. تعلل مجلسی‌ها در انجام اقدامات لازم و همچنین کندی عملکرد آنها و عدم قاطعیت آنها در خصوص تصمیمات ضروری کشور، عملا مجلس را در چندماه اخیر به عنصری نمایشی در حوزه تصمیم‌گیری‌های کشور تبدیل کرده است. پیش از این نیز نمایندگان مجلس که در اعتراض به گرانی بنزین در آبان ماه و در پی اعتراضات مردمی در آبان‌ماه، تصمیم به ملزم کردن دولت برای کاهش قیمت بنزین گرفته یودند، گرچه حکم حکومتی صادر نشد، اما در پی نامه آیت‌الله خامنه‌ای در مصلحت ندانستن این اقدام و دفاع از گران شدن بنزین، اقدام اعتراضی خود را متوقف کردند.
به گفته‌ی تحلیل‌گران و ناظران، در عمل مدتهاست که مجلسی‌ها در هیچ تصمیم‌گیری شاخصی در خصوص کشور مشارکت نکرده و اقدامی نکرده‌اند. در چندماه گذشته نیزعملا مجلس تعطیل بوده است. در چندماه اخیر در عمل آیت‌الله خامنه‌ای به جای نمایندگان تصمیم‌کیری کرده است.
