در حالی که علی مطهری در اعتراض به رای صادره دادگاه درباره محمد خاتمی اعلام کرده بود در حال جمع‌آوری امضا از نمایندگان برای ارسال نامه‌ای اعتراضی خطاب به وزیر دادگستری است، در پی مخالفت محمدرضا عارف با امضا و ارسال نامه‌ی نمایندگان اصلاح‌طلب مجلس به وزیر دادگستری برای رسیدگی به دفاعیات محمدرضا خاتمی، ارسال این نامه از دستورکار فراکسیون امید مجلس خارج شد.علی مطهری در اعتراض به رای صادره در خصوص محمدرضا خاتمی گفته بود اگر بنا بود ادعای وی بررسی نشود و دادگاه صرفاً به نظر شورای‌نگهبان استناد کند، به چه علت دادگاه تشکیل شد. مطهری همچنین با اعتراض به نحوه برگزاری دادگاه، گفته بود بهتر است به جای تشکیل دادگاه، یک حکم کلی تعیین کنند تا هر فردی که قائل به تقلب در انتخابات سال ۸۸ است، به دو سال زندان محکوم است. اما در همین حال و در حالی که خبر رسیده بود که حدود ۵۰ نفر از نمایندگان مجلس این نامه اعتراضی به وزیر دادگستری را امضا کرده بودند، این نامه به علت مخالفت محمدرضا عارف با ارسال نامه به وزیر از دستور کار فراکسیون امید خارج شده است. عارف با بیان این موضوع که اساسا با کلیت نوشتن نامه و ارسال نامه مخالف است، گفته بود اینک این امضا نامه به صلاح نیست. خود وی نیز این نامه را امضا نکرده است. اقدام عارف موجب اعتراض برخی از فعالان سیاسی شده و او را به انفعال در مقابل حکومت متهم کرده‌اند. این اولین بار نیست که محمدرضا عارف به علت برخورد منفعلانه و غیر اعتراضی خود موجب انتقاد اصلاح‌طلبان می‌شود. بسیاری معتقدند که برای عارف تنها چیزی که اهمیت دارد داشتن حداقل ارتباط با حاکمیت است، نه دفاع از رویکرد اصلاح‌طلبانه. برخی از تحلیل‌گران دلیل این مخالفت عارف را نگرانی او از عدم تایید صلاحیت وی توسط شورای نگهبان عنوان می‌کنند. شورای نگهبان رسما و به صراحت اعلام کرده است هرگونه موضع‌گیری مثبت کاندیداهای مجلس درباره انتخابات ۸۸ که شورای نگهبان آن را فتنه ۸۸ می‌نامد منجر به رد صلاحیت افراد خواهد شد. این در حالی است که به نظر نمی‌رسد که با توجه به انفعال و سکوت آزاردهنده‌ی عارف، وی بتواند در انتخابات پیش رو در اسفندماه، بار دیگر به مجلس راه یابد. با توجه به رفتار غیر حرفه‌ای و غیرحزبی عارف و انفعال او در مجلس، بعید است که اصلاح‌طلبان در انتخابات اخیر اساسا از او حمایت قابل توجهی بکنند. ضمن اینکه کارشناسان پیش‌بینی می‌کنند که مشارکت عمومی در انتخابات اسفندماه مجلس چندان قابل توجه هم نباشد.
