غلامحسین اسماعیلی سخنگوی قوه‌قضائیه گفته است پرونده نجفی به قدری روشن است که نیازی به تحقیقات اضافی نداشته است. این در حالی است که به نظر می‌رسد حتی تحقیقات اولیه هم درباره پرونده نجفی صورت نگرفته است و با وجودی که از لحظه اول تمام جزئیان پرونده در اختیار مردم قرار گرفت، دستگاه قضایی هیچگاه تلاش نکرده است تا از تردیدهایی که در خصوص این پرونده در افکار عمومی ایجاد شده ابهام‌زدایی کند.
بنا به گفته برخی از کارشناسان و تحلیل‌گران اظهارات سخنگوی قوه قضائیه در این خصوص که پرونده نجفی یک پرونده روشن است در حالی ابراز می‌شود که حتی آزمایش انگشت نگاری از اسلحه‌ای که گفته می‌شود نجفی با آن همسر خود را به قتل رسانده صورت نگرفته است و دستگاه پلیس بدون اقدام به انگشت نگاری حرفه‌ای از این اسلحه، در همان ساعت اولیه‌ی تسلیم، این اسلحه را در خارج از شرایط قرنظینه نگهداری کرد و حتی تحقیقات درباره انگشت‌نگاری از اسلحه نیز کامل نبوده است.
سخنگوی قوه قضائیه ضمن اینکه سرعت عمل در پرونده نجفی را اقدامی طبیعی از سوی قوه قضائيه قلمداد کرده است،تاکید کرده است که سرعت عمل در رسیدگی به پرونده‌ها، خاص همه مردم است و رویه معمول دستگاه قضائی است. این ادعا در حالی مطرح می شود که بنا به گفته کارشناسان قضائي، پرونده‌های قضائی در ایران دارای زمان انتظار طولانی و گاه چندساله هستند و علاوه بر انکه اقرار برای اثبات جرم متهم کافی نیست، و دستگاه قضائی باید بتواند ادله کافی درباره مجرمیت را نیز جمع‌آوری کند تا در صورت تکذیب اقرار توسط متهم بتواند از آنها استفاده کند، انجام پرونده‌های قضائی معمولا روزها و چه بسا ماه‌ها به طول می‌نجامد و آقای رئیسی رئیس جدید قوه قضائیه به عنوان یکی از برنامههای اصلی دستگاه قضائی کوتاه کردن زمان دادرسی را یکی از برنامههای خود در دستگاه قضائی عنوان کرده بود که دستگاه قضاسی در میان مدت باید بتواند به آن برسد.
رئیس قوه قضائیه اعلام کرده است پرونده نجفی، یک پرونده عادی قتل جنایی و خانوادگی است و همه چیز در آن روشن و شفاف است، اما در همان حال در کیفرخواستی که برای نجفی صادر شده است، اقدام نجفی به جرح غیرقتل به عنوان یکی از اتهامات وی عنوان شده و قوه قضائیه درباره این موضوع که در این پرونده قتل، اقدام به جرح غیرقتل چه بوده و نسبت به چه کسی اعمال شده سکوت کرده است.اسماعیلی همچنین با بیان این موضوع که در این پرونده شاهد وجود ندارد و نمی‌توان شاهد برای این پرونده تراشید و از آنها اطلاعاتی درباره صحنه قتل درخواست کرد، اظهار داشت کسی شاهد صحنه جنایت نبوده است که بتواند از اظهارات او به عنوان شاهد پرونده استفاده کرد.
سخنگوی قوه قضائيه همچنین خاطرنشان کرده است اظهارات شاهد در پرونده جنایت در صورتی قابل استفاده است که در هنگام وقوع قتل کسانی بوده باشند که با چشم خود شاهد صحنه جنایت بوده باشند.
این اظهارات عجیب‌ترین اظهاراتی که درباره شاهدان در یک پرونده جنایی نقل می‌شود. در پرونده‌های جنایی، همسایه‌ها، ساکنین آپارتمان، حتی افراد حاضر در محل و به عنوان شاهد پرونده تلقی می‌شوند و شهادت آنها برای تکمیل پرونده مورد استفاده قرار می‌گیرد.
جالب‌تر اینکه نجفی ادعا کرده است که توسط وسیله نقیه عمومی و پس از ارتکاب جنایت به قم سفر کرده است، اما با توجه به اظهارات سخنگوی قوه قضائیه در این خصوص که در این پرونده نیازی به حضور شاهد وجود نداشته است، دستگاه قضایی حتی راننده اتوبوسی را هم که نجفی ادعا کرده با آن به قم سفر کرده است، به عنوان شاهد به دادگاه فراخوان نکرده و اظهارات او را به عنوان شاهد سفر نجفی به قم در پرونده ثبت نکرده است. کارشناسان همچنان پرونده نجفی را یک پرونده مبهم می‌دانند و ادعا می‌کنند که در این پرونده ابهامات زیادی وجود دارد. علی مطهری نماینده مجلس نیز طی نامه‌ای به برادر میترا استاد، با هشدار نسبت به سرعت عمل دستگاه قضایی برای صدور رای نهایی پرونده نجفی، از او درخواست کرده است که به عنوان اولیای دم توجه داشته باشند اطلاعات پرونده کامل و کافی باشد تا حقی از مقتول ضایع نشود.
