در حالی که مسعود پزشکیان نایب رئیس مجلس از ارسال نامه علی لاریجانی به ايت‌الله خامنه‌ای در خصوص تغییر ریاست ستاد مقابله با کرونا گفته بود، و گفته بود رهبر خواسته که اقای روحانی خود ریاست آن را به عهده بگیرد . سخنی که بعد سعی کرد آن را تکذیب کند . حسن روحانی روز چهارشنبه در واکنش به ارسال این نامه اظهار داشت بر اساس مصوبه تشکیل ستاد مقابله با کرونا، هرچه ستاد ملی تصویب کند، همانند مصوبات شورای عالی امنیت ملی است و نیازی به این نیست که ریاست آن به عهده‌ی رئیس جمهور باشد. وی اظهار داشت مصوبات ستاد برای تمام ارکان کشور و تمام دستگاه‌ها، نهادها، نیروهای مسلح، نیروهای دولتی و حتی نیروهای خصوصی دستگاه‌های خصوصی لازم‌اجراست.وی با اشاره به اینکه حداقل هفته‌ای یک بار جلسات ستاد با حضور وی تشکیل می‌شود، اظهار داشت حتی اگر خود وی نیز نتواند در جلسات شرکت کند، معاون اول وی در جلسات شرکت خواهد کرد. این در حالی است که برخی شایعات در خصوص ابتلای اسحاق جهانگیری معاون اول روحانی به کرونا منتشر شده است و نزدیک به دو هفته است که وی حتی در جلسات معمولی هیات دولت نیز شرکت نکرده است.
بر خلاف انچه که حسن روحانی عنوان می‌کند، ضرورت حضور حسن روحانی در جلسات شورا به علت مصوبات شورا نیست، بلکه به خاطر اعلام اهمیت ستاد است که بالاترین مقام اجرایی کشور باید بر آن ریاست داشته باشد. برخی حتی ریاست حسن روحانی را هم بی مورد دانسته و تاکید کرده اند که این علی خامنه‌ای است که باید بر این شورا ریاست داشته باشد و تمام مصوبات شورا زیر نظر وی انجام شود تا بعد مخالفت ضمنی هم با آن نشود علاوه براین خامنه ای باید اختیارات نیروهای مسلح و اطلاعاتی را تفویض کند که حاضر به اتجام چنین کاری نخواهد شد .همچنین در مواردی مانند اینکه شورا تصویب کرده که قربانیان کرونا باید بدون انجام آداب معمول کفن و دفن به خاک سپرده شوند و تاکید کرده است که شستشوی این افراد می‌تواند میان خطر شیوع این بیماری را به شدت افزایش دهد، اما علی خامنه‌ای رهبر ایران در مخالفت با این مصوبه اعلام کرد که باید حداقل شرعیات در شستشوی این افراد رعایت شود و برای انجام خواسته‌ی او تعدادی از طلاب، به شکل داوطلبانه اقدام به شستشوی این افراد کرده‌اند که به گفته پزشکان هم خطر شیوع را و هم خطر ابتلای این افراد را به شدت افزایش خواهد داد. شاید اگر خامنه‌ای ریاست این ستاد را به عهده داشته باشد، به جای دستور به شستشو در نهایت ستاد به سمت این تصمیم هدایت بشود که دستگاهی اتوماتیک برای این اقدامات طراحی شود که مردم را گرفتار چنین مخمصه و گرفتاری‌ای نکند.
