آیت‌الله خامنه‌ای در اولین واکنش پس از کشتن سردار سلیمانی و همچنین در واکنش به حمله موشکی ایران به دو پایگاه نظامی در عراق، حمله ایران به نظامیان امریکایی را یک سیلی به گوش امریکا عنوان کرد و خاطرنشان کرد انتقام بحث دیگری است. خامنه‌ای با بیان این موضوع که باید حضور فسادبرانگیز آمریکا در منطقه به پایان برسد. افزود کارهای نظامی این چنینی برای انتقام کافی نیست. خامنه‌ای همچنین ایمان و غیرت دینی مردم را عامل اصلی در به میدان کشیدن مردم دانست و با اشاره به قدرت نظامی جمهوری اسلامی، ابزار نظامی را در صورتی مفید دانست که به ایمان متکی باشد. رهبر ایران همچنین با تجلیل از سردار سلیمانی به عنوان کسی که هم تدبیر داشت و هم مرد عمل بود، کسانی را که اهل تدبیر هستند اما اهل عمل نیستند، مورد انتقاد قرار داد. وی همچنین سلیمانی را فردی محتاط ارزیابی کرد که حتی در زمینه‌ی استفاده از سلاح در حین جنگ نیز محدودیت‌هایی را مراعات می‌کرد.
خامنه‌ای با اشاره به اینکه سلیمانی توانست تمام نقشه‌های امریکا در غرب آسیا را خنثی کند، گفت سردار سلیمانی توانست فلسطینی‌ها را طوری قدرتمند کند که بتوانند به مقاومت خود ادامه دهند.
رهبر ایران با اشاره به تواضع سردار سلیمانی اور را فردی دانست که تلاش می‌کرد تا معرض دید نباشد و تاکید کرد او همیشه در مجالس هم در جایی قرار می‌گرفت که دیده نشود. خامنه‌ای با اشاره به اقدامات گذشته‌ی سردار سلیمانی، اظهار داشت وی همواره گزارش‌های سردار را تحسین می‌کرده است. وی افزود سلیمانی کار بزرگی انجام داده و قیامتی برپا کرده است و با اشاره به مراسم تشییع کشته‌شده‌ها، شهادت سردار سلیمانی را نشان‌دهنده‌ی زنده بودن انقلاب دانست و تاکید کرد وحدتی که زیر تابوت سردار سلیمانی ایجاد شده باید زنده بماند. خامنه‌ای همچنین با بیان این موضوع که از جان باختن تعدادی از مردم در کرمان متاثر شده است، مراسم تشییع در کشور را نشان‌دهنده‌ی زنده بودن انقلاب دانست.
بسیاری از تحلیل‌گران دلیل تاخیر آیت‌الله خامنه‌ای در واکنش به کشتن سردار سلیمانی را این می‌دانند که وی ترجیح داده تا پس از واکنش ایران نسبت به اقدام امریکا در این باره سخن بگوید . در عین حال در واکنش به سخنان او، برخی تحلیل‌گران اعتقاد دارند اظهارات خامنه‌ای در واکنش به کشته شدن سردار سلیمانی چندان هم نشان‌دهنده‌ی تاثر عمیق او به خاطر از دست دادن فردی که گفته می‌شود نزدیک‌ترین فرد به خامنه‌ای و فرد دوم ایران بوده، نیست.
وی فعالیت‌های سردار سلیمانی در منطقه و برای ایران را در حد یک گزارش‌نویسی و خود او را به شخصی که گزارش‌های خوب و تحسین‌برانگیزی می‌نوشته و به نیروهای مقاومت در منطه کمک می کرده، تقلیل داد و در توصیف سردار سلیمانی به توضیح شخصیت وارسته و خردمند او اکتفا کرد.
به گفته برخی ناظران، واکنش آیت‌الله خامنه‌ای به کشته شدن سردار را می‌توان واکنشی عادی و ابراز تاسفی ساده از کشته شدن یک فرمانده نظامی ارزیابی کرد، نه ابراز تاسف برای کسی که بسیاری معتقدند سیاست‌های منطقه‌ای خامنه‌ای تنها به واسطه سلیمانی و رویکرد استرتژیک او در منطقه امکان عملیاتی شدن داشت.
گرچه برخی معتقدند دلیل واکنش سرد خامنه‌ای نسبت به فقدان سلیمانی ممکن است به این دلیل باشد که وی نمي‌خواهد با بزرگ‌نمایی حذف و فقدان سردار سلیمانی، این تفکر را به امریکا القا کند که با حذف سردار سلیمانی شکاف اساسی و فقدان جبران نشدنی در سیاست منطقه‌ای جمهوری اسلامی ایجاد شده، اما در عین حال تاکید دارند که ابراز ناخرسندی خامنه‌ای در خصوص فقدان سردار سلیمانی در حد و اندازه‌ی نقصانی که در جایگاه جمهوری اسلامی در منطقه به واسطه فقدان سلیمانی ایجاد شده، نیست.
در عین حال مصادره شرکت‌کننده‌های در مراسم تشییع سردار سلیمانی به نفع انقلاب در حالی عنوان می‌شود که بسیاری از شرکت‌کننده‌ها به صراحت اعلام کردند که با وجود مخالفت با جمهوری اسلامی به این دلیل که سلیمانی را یک ژنرال ایرانی و سرباز وطن می‌دانند در این تشییع شرکت می‌کنند و شرکت در مراسم به معنی تایید سیاست‌های جمهوری اسلامی نیست.
اما غیر از خامنه‌ای دیگر مقام‌های جمهوری اسلامی نیز حضور مردم را به موافقت با جمهوری اسلامی و نیز سیاست‌های منطقه‌ای جمهوری اسلامی تعبیر کردند و علی لاریجانی رئیس مجلس، این تشییع گسترده را به معنی رفراندوم در خصوص سیاست‌های منطقه‌ای ایران دانست و اظهار داشت مردم با شرکت در مراسم تشییع سلیمانی نشان دادند که با سیاست‌های منطقه‌ای ایران و سیاست‌های ایران در خصوص محور مقاومت موافق هستند.
