با اعلام برکناری جواد لاریجانی دبیر ستاد حقوق بشر قوه قضائیه و جایگزینی علی باقری کنی که خواهرش همسر فرزند رهبر است، بسیاری از تحلیل‌گران با اشاره به اینکه اخرین لاریجانی نیز از یکی از مسئولیت‌های کلیدی جمهوری اسلامی برکنار شد، گمانه‌زنی‌هایی در خصوص تلاش حاکمیت برای خارج کردن لاریجانی‌ها از صحنه‌ی جمهوری اسلامی عنوان کرده‌اند. برادران لاریجانی حدود چهار دهه است که با حضور در کلیدی‌ترین پست‌های جمهوری اسلامی، در مهم‌ترین تصمیمات نظام جمهوری اسلامی نقشی محوری داشته‌اند.
حضور محمدجواد لاریجانی در راس ستاد حقوق بشر قوه قضائيه و روگردانی وی از پاسخگویی به نهادها و سازمان‌ها و بازرسی‌های بین‌المللی، همواره در سال‌های اخیر جمهوری اسلامی را با چالش‌های زیادی در خصوص حقوق بشر مواجه کرده است. گرچه تحلیل‌گران امیدی ندارند که با تغییر دبیر این ستاد توسط رئيس قوه‌ی قضائيه، در عملکرد ستاد حقوق بشر یا پاسخگویی این نهاد به نهادها و سازمان های بین‌المللی تغییری ایجاد شود، اما با توجه به شعارهای رئيس قوه‌ی قضائیه در خصوص تلاش قوه قضائیه برای تامین حقوق شهروندی مردم و تلاش‌هایی که ابراهیم رئيسی برای تغییر وجهه‌ی خود انجام می‌دهد، در عین حال این امیدواری را ایجاد کرده است که با تغییر رئیس ستاد حقوق بشر، اقداماتی نمایشی برای تعامل در سطح جهانی ایجاد شود یا در ارائه‌ی گزارش‌های دوره‌ای به نهادهای بین‌المللی، کمی بیش از قبل،تلاش شود تا چهره‌ی قابل قبول‌تری از حقوق بشر در جمهوری اسلامی به خارج از ایران ارائه شود.
محمدجواد لاریجانی در دوران تصدی خود بر ستاد حقوق بشر قوه‌ی قضائيه حتی هراسی از اینکه حقوق بشر را به تمسخر بگیرد یا به اقدامات آشکار ضد حقوق بشری جمهوری اسلامی افتخار کند و از اعمال خشونتهای گسترده در جمهوری اسلامی را به طور آشکار، حمایت کند نداشت.
وی در یکی از مصاحبه‌های چالش‌برانگیز خود در واکنش به سوالی درباره اعدام‌های گسترده در جمهوری اسلامی به آمار زاد و ولد در جمهوری اسلامی اشاره کرده بود و آن را امیدوارکننده خوانده بود.
حالا به نظر میرسد که در ادامه تغییرات اساسی در قوه‌ی قضائیه و تلاش جمهوری اسلامی و شخص آیت‌الله خامنه‌ای برای ارائه‌ی تغییراتی در چهره‌ی خشن و غیرقابل تغییر جمهوری اسلامی، حکومت تلاش می‌کند تا لاریجانی‌ها را از جمهوری اسلامی حذف کند. اقدامی که حتی اگر با هدف تغییرات اساسی در نظام صورت گرفته باشد، به علت دیرهنگام بودن تاثیری بر افکار عمومی ندارد.
بنا به گفته‌ی غلام‌حسین اسماعیلی سخنگوی قوه قضائیه، به جای محمدجواد لاریجانی، علی باقری کنی توسط رئیس قوه‌ی قضائیه به عنوان دبیر جدید ستاد حقوق بشر قوه قضائيه معرفی شده است. وی هم از محمدجواد لاریجانی جوان‌تر است و سابقه حضور در وزارت امور خارجه را نیز دارد. وی در دوران دبیری سعید جلیلی در شورای امنیت ملی، معاون سیاست خارجی و امنیت بین‌الملل وی و مذاکره‌کننده‌ی ارشد پرونده‌ی هسته‌ای ایران بوده است.ولی باتوجه به رابطه خانودگی وی با بیت رهبر جمهوری اسلامی بنظر میرسد که وی جزو نیروهای حلقه مجتبی خامنه ای است که رویاهای بزرگی نیز در سر دارد .
