در جنجال‌برانگیزترین واکنش‌های در خصوص اظهارات علیرضا پناهیان روحانی تندروی سیاسی که روابط نزدیکی با نهاد رهبری دارد و د ر مراسم این نهاد هم سخنرانی میکند ، به تازگی سخنانی از وی انتشار یافته که خطاب به کسانی که شورای نگهبان را قبول ندارند، گفته است حکم آنها اعدام است. پناهیان همچنین این افراد را مفسد فی‌الارض دانسته و با بیان این موضوع که حکم فتنه کردن علیه نظام اسلامی اعدام است، از برخی از هجمه‌ها نسبت به شورای نگهبان انتقاد کرده و این معترضین را مفسد فی‌الارض دانسته است. این استاد حوزه و فعال سیاسی وابسته به پایداری‌ها، همچنین خطاب به برخی فعالان سیاسی و در انتقاد از مواضع آنها درباره شورای نگهبان گفته است خجالت بکشید که نان ولايت فقيه را می‌خورید و به چنین مواردی اعتراض می‌کنید.علیرضا پناهیان در بخش دیگری از اظهاراتش در اعتراض به مخالفت‌ها و اعتراض‌ها نسبت به حکم اعدام، با اعتراض به اینکه چرا نباید افراد را اعدام کرد، اظهار داشته است حکم خدا باید اجرا بشود. وی در ادامه با بیان این موضوع که دشمن چه حقی برای اعتراض به احکام اسلامی را دارد، گفته است دشمن غلط میکند به احکام صادرشده توسط جمهوری اسلامی اعتراض کند.
گرچه به طور دقیق اعلام نشده که اظهارات پناهیان در چه زمانی ایراد شده است، اما با توجه به اظهارات و انتقادات چندی پیش رئیس جمهور در خصوص شورای نگهبان، برخی تحلیل‌گران اظهارت پناهیان را در واکنش به اظهارات رئیس جمهور درباره شورای نگهبان می‌دانند که در خصوص عدم تفسیر اختیارات ریاست جمهوری با شفافیت عمل نمی‌کند. موضوعی که با اعتراض شدید شورای نگهبان مواجه شد
کدخدایی سخنگوی شورای نگهبان به صراحت تفسیر قانون اساسی را در حیطه‌ی اختیارات شورای نگهبان دانسته بود و رئیس جمهور را تلویحا از اظهار نشر در این بار هشدار داده بود.
اعتراض‌ها به شورای نگهبان و همچنین کیفیت اظهارنظرهای اعضای شورای نگهبان در خصوص قوانین مختلف کشور و در مواضع محتلف سیاسی در کشور در سال‌های اخیر اعتراض‌ها و انتقادهای زیادی را به دنبال داشته است و برخی انتقادها و واکنش‌ها دال بر این است که شورای نگهبان دیگر آن هیمنه و اقتدار سابق را حتی بین معتقدان به شورای نگهبان ندارد.
صرفنظر از انتقادات گاه و بیگاه حسن روحانی رئیس جمهور نسبت به فعالیت‌های شورای نگهبان، چندی پیش انتقاد تند صادق لاریجانی رئیس پیشین قوه قضائیه و رئیس فعلی مجمع تشخیص مصلحت نظام نسبت به اظهارات بی‌مورد و غیرکارشناسی ایت‌الله یزدی در شورای نگهبان نیز انتقادات تندی را به همراه داشت و بسیاری این اظهارنظرهای صادق لاریجانی را نشان‌دهنده جایگاه تنزل‌یافته‌ی شورای نگهبان عنوان کردند.
