اظهارات کرباسچی درباره پرونده نجفی واکنش‌های زیادی را در پی داشته است. کرباسچی نخستین کسی بود که با انتشار توئیتی درباره شهردارشدن نجفی، توجه عمومی را نسبت به ویژگی خاص پرونده نجفی جلب کرد و با انتشار این مطلب که کسانی که نجفی را در چاه ویل انداختند باید پاسخگوی شرایط فعلی وی باشند، پرونده نجفی را پرونده‌ای جناحی نمایاند. او با انتشار این توئيت تلویحا این موضوع را مورد تاکید قرار داد که اگر نجفی شهردار نمی‌شد، حادثه اخیر قتل هم رخ نمی‌داد. اما وی پس از گذشت چندین روز از پرونده نجفی و جدی‌تر شدن احتمال قصاص او به علت مباشرت وی در قتل میترا استاد، کرباسچی از روند عجیب و جناحی کردن ماجرای پرونده قتل میترا استاد و نحوه برخورد با محمد علی نجفی، ابراز شگفتی کرده است.
وی با بیان این موضوع که به دلیل مشهور بودن نجفی و حساسیت روی پرونده، رفتارهای هیجانی روی این پرونده افزایش یافته است، با بیان غیرقانونی بودن برخی واکنش‌ها نسبت به این پرونده، اظهار داشت این ماجرا در نگاه مردم به جریان اصلاح‌طلبی تاثیر خواهد گذاشت و مسائل سیاسی در پی خواهد داشت. وی در عین حال با ابراز بی‌اطلاعی از اینکه اقدامات نجفی در افشای فساد، موجب اتفاق قتل شده است، اظهار داشت پیوند دادن پرونده‌ی شهردار شدن نجفی، و نقش او در افشای فساد با حضور میترا استاد در زندگی نجفی که منجر به قتل شد، گمانه‌زنی است و مستند نیست. وی در عین حال تاکید کرده است که کسی درباره پرستو بودن میترا استاد و نقش نهادهای امنیتی در حضور میترا استاد در زندگی نجفی اطلاعات دقیقی ندارد و آنچه اظهار می‌شود گمانه‌زنی سیاسی است. وی همچنین با بیان این موضوع که محدودیت فنی توئیتر موجب شده است که اظهارات او در روز حادثه موجب ایجاد ابهام در اظهارنظر او درباره پرونده نجفی بشود اظهار داشت قصد وی ورود به حوزه خصوصی نجفی نبوده است.
این در حالی است که کرباسچی در روز ارتکاب قتل به صراحت شورای شهر و اصلاح‌طلبان را به خاطر اصرار بر شهردارشدن نجفی مورد نکوهش قرار داده بود و تاکید کرده بود این اصرار این وضعیت وخیم را برای نجفی ایجاد کرده است. کرباسچی در روزهای اخیر بارها تاکید کرده است که هم خود او و هم شورای شهر در زمان رای به شهردارشدن نجفی از ارتباط او با میترا استاد و فشار نیروهای امنیتی برای کناره‌گیری نجفی از شهرداری اطلاع داشته‌اند و اصلاح طلبان و شورای شهر با وجود اطلاع از ارتباط مخفی نجفی با میترا استاد نباید او را به عنوان گزینه شهرداری انتخاب می‌کردند.
کرباسچی در روزهای اخیر گفته بود وی به نجفی خطیر بودن موقعیت را تذکر داده و پیش از پذیرش شهرداری توسط نجفی، به وی تاکید کرده است که به علت مطلع بودن دستگاه‌های امنیتی از ارتباط او با میترا استاد بهتر است وی این شغل را نپذیرد.
کرباسچی همچنین با بیان این موضوع که شورای شهر تهران نه تنها با پیام دستگاه‌های امنیتی مبنی بر چالش شهردارشدن نجفی به علت مسائل شخصی بی‌توجهی کرده است، بلکه اعضای شورا به این موضوع هم که عالی ترین نهادهای سیاسی کشور با شهرداری دکتر نجفی مخالفند، توجهی نشان نداده است.
اعضای شورا این اظهارات را رد کرده‌اند و یکی از اعضای شورا با بیان این موضوع که آیت‌الله خامنه‌ای مخالفتی با شهردارشدن نجفی نداشته است، تاکید کرده است این اظهارات که آقای خامنه‌ای با شهرداری نجفی مخالف بوده صحت ندارد. کرباسچی تاکید کرده است تایید نجفی توسط دستگاه‌های امنیتی کشور با اعمال فشار بزرگان اصلاحات ضورت گرفته و کاری نادرست بوده است.
وی همچنین اظهار داشته است اصرار نجفی برای عمومی کردن رابطه خصوصی و همچنین اصرار او برای حضور در شهرداری و نیز اصرار نیروهای اصلاح طلب برای به مهلکه انداختن نجفی موجب شده است تا چنین شرایطی برای نجفی ایجاد بشود.
کرباسچی در اظهارات اخیر خود تاکید کرده است که تلاش اصلاح‌طلبان برای شهردار نشدن محسن هاشمی موجب اصرار آنها برای شهرداری نجفی شده است. وی همچنین خاطرنشان کرده است که هدف اصلاح‌طلبان از اصرار بر شهرداری نجفی، با هدف سودبردن و انتفاع یاران و نزدیکان اصلاح‌طلبان بوده است.
وی تاکید کرده است که اصلاح‌طلبان نباید موقعیت با اهمیت سیاسی خود را با چنین اقدامات پرریسکی به مخاطره می‌افکندند.
اظهارات کرباسچی مورد انتقاد شدید اصلاح‌طلبان قرار گرفته است و او را متهم به دروغ‌گویی و وارونه نمایاندن واقعیت کرده‌اند. انها کرباسچی را به تسویه حساب شخصی با نجفی و اصلاح طلبان متهم کرده‌اند.
میردامادی یکی از فعالان سیاسی اصلاح‌طلب روز یکشنبه با بیان این موضوع که کرباسچی در هیچ‌یک از جلساتی که بحث‌هایی درباره نجفی مطرح بوده، انتقادی از نجفی مطرح نکرده بود، از کرباسچی به خاژچطر لگدزدن به فرد بر زمین خورده انتقاد کرده است.
وی با ابراز تاسف از برخورد و اظهارات کرباسچی، تاکید کرده است اظهارات اخیر کرباسچی درباره نجفی ناشی از اختلافات و کینه شخصی او به نجفی است و واقعیت ندارد
