در دیدار حسن روحانی رئیس جمهور ایران با سیستانی که تحلیل‌گران آن را رویدادی مهم در سفر روحانی عنوان کرده بودند، آیت‌الله سیستانی ضمن استقبال از هرگونه اقدامی در راستای تقویت روابط عراق با همسایگان بر اساس منافع طرفین، بر ضرورت احترام به حاکمیت کشورها و عدم دخالت در امور داخلی همسایگان تاکید کرد و از جانفشانی‌های بزرگ مردم عراق برای پیروزی بر داعش قدردانی کرد و ضمن اشاره به نقش دوستان در این پیروزی، دورکردن خطر داعش از کل منطقه را نتیجه جانفشانی بزرگ مردم عراق بر این گروه تروریستی دانست. سیستانی همچنین در این دیدار بر ضرورت رعایت توازن و اعتدال در سیاست‌های منطقه‌ای و بین‌المللی در این منطقه تأکید کرد. وی اظهار داشت با رعایت توازن در سیاست‌های منطقه‌ای و بین‌المللی باید مانع از تحمل بیشتر رنج و آسیب توسط مردم منطقه شد.
دفتر آیت‌الله سیستانی همچنین با صدور بیانیه‌ای بر ضرورت تقویت روابط عراق و همسایگانش بر اساس منافع دو طرف و بر اساس احترام به حاکمیت کشورها و عدم دخالت در امور داخلی تاکید کرده است.
با توجه به بیانیه دفتر آیت‌الله سیستانی، به نظر می‌رسد وی در دیدار با روحانی رئیس جمهور ایران، بر ضرورت عدم مداخله ایران در امور داخلی عراق تاکید کرده و آن را عاملی ضروری برای ایجاد آرامش و ثبات در منطقه عنوان کرده است. آیت‌االه سیستانی به عنوان یک روحانی معتدل که اولویت منافع ملی عراق را در راس اولویت‌های دینی و سیاسی قرار می‌دهد، در منطقه شناخته شده است. وی تا کنون و همچنین در دیدار اخیر با روحانی، بارها تاکید کرده است که سلاح تنها باید در اختیار دولت عراق باشد و نسبت به تجهیز تسلیحاتی گروه‌های شبه نظامی و اسلامی هشدار داده است.
ایت‌الله سیستانی رابطه خوبی با رهبر ایران ندارد و تاکنون هیچ مذاکره یا گفتگو و دیداری بین طرفین صورت نگرفته است. سیستانی مهم‌ترین مرجع شیعیان در ایران و جهان است و برخی از تحلیل‌گران این ویژگی ممتاز آیت‌الله سیستانی را یکی از دلایل زاویه داشتن او با آیت‌الله خامنه‌ای می‌دانند که خود را رهبر مسلمانان و شیعیان جهان می‌داند، اما هیچ‌گاه نتوانسته است نقش مرجعیت خود برای شیعیان را حفظ کند
