علی یونسی وزیر اطلاعات در دوره محمد خاتمی در گفتگویی به برخی اقدامات که در زمان آیت الله خمینی انجام شده اشاره کرد و با بیان این موضوع که خمینی بر جاری شدن عدالت در جمهوری اسلامی تاکید داشت، اظهار داشت اجازه داده نشد که فرمان 8 ماده‌ای آیت‌الله خمینی اجرا شود.
وی در این راستا به قانون منع شکنجه که در قانون اساسی مورد تاکید قرار گرفته اشاره کرد و با اشاره به این قانون اظهار داشت بر اساس قانون اساسی، شکنجه ممنوع است و اقراری که با شکنجه گرفته شود اعتباری ندارد. وی اظهار داشت بر اساس قانون اساسی مطلقا شکنجه یا اعتراف زیر شکنجه به متهمان مجاز نیست.وی اظهار داشت با وجود تاکید که در قانون اساسی وجود داشت فشار، شکنجه، اذیت و آزار، تنگ‌نظری‌ها و سختگیری‌ها به یک عادت تبدیل شد بعد هم به صورت قانون درآمد.وی افزود بخشی از فاجعه‌ای که امروز وجود دارد به خاطر نادیده گرفتن قانون است.
یونسی در حالی شکنجه و اعتراف زیر شکنجه را بر اساس قانون اساسی ممنوع می‌داند که علی خامنه‌ای در سال 88 به صراحت اعلام کرد اعتراف مجرمان مبنای اجرای قانون است و تاکید کرد اعتراضاتی که در این خصوص می شود که اعتراف زیر شکنجه معیار نیست، محلی از اعراب ندارد.
یونسی در بخش دیگری از اظهاراتش با اشاره به نفوذ گسترده‌ای که در کشور صورت پذیرفته است، اظهار داشت بحث نفوذ در کشور یک بحث جدی است. وی با بیان اینکه طی 10 سال اخیر نفوذ موساد در بخش های مختلف کشور زیاد شده است، اظهار داشت مسئولین جمهوری اسلامی باید برای جان خودشان نگران باشند.وی افزود سازمان های امنیتی و اطلاعاتی به جای اینکه آنها را شناسایی کنند به جان خودی‌ها افتاده اند.یونسی در عین حال اظهار داشت که در گذشته نفوذ تا این حد زیاد و شدید نبوده است. وی افزود در گذشته بسیاری از موارد به نفوذ اسرائیل و موساد منتسب می کردند، اما واقعیت این است که چنین نبوده است.
در استناد به اظهارات یونسی، اتهام به همسر سعید امامی در خصوص ارتباط با اسرائیل از جمله اتهاماتی است که در راستای ارتباط با اسرائیل مطرح می‌شود، اما همانطور که علی یونسی می‌گوید، این اتهامات از اساس بی‌پایه بود و مستنداتی در این خصوص هیچگاه اثبات نشد.
وزیر اسبق اطلاعات همچنین از موازی کاری در نهادهای امنیتی ابراز تاسف کرد و با بیان اینکه به دلیل رقابت سرویس‌های اطلاعاتی، موازی کاری که در وزارت اطلاعات رخ داده و سازمان های جدیدی در مقابل وزارت اطلاعات ایجاد شده، اظهار داشت این اقدامات موجب تضعیف وزارت اطلاعات شده است.
یونسی در بخش دیگری از اظهاراتش به اقدامات شورای نگهبان در رد صلاحیت‌ها اشاره کرد و با بیان اینکه در گذشته هم شورای نگهبان بر اساس گزارشهای نادرست نهادهای اطلاعاتی و امنیتی تصمیم‌گیری کرده است، اظهار داشت همیشه بسیاری از این گزارش‌ها نادرست بوده است.
یونسی افزود وی توانسته است شورای نگهبان را در سال 2 متقاعد کند که برخی از گزارش‌ها نادرست است و بر اساس اظهارات وی 90 نفر از 100 نفری که رد صلاحیت شده بیودند، مجدد تایید صلاحیت شدند.
گرچه برخی از ناظران معتقدند که وی در ارایه اعداد اشتباه کرده است و در تایید مجدد صلاحیت‌ها 9 نفر به افراد تایید صلاحیت‌شده اضافه شدند نه 90 نفر. علاوه براین مشخص است که فقهای شورای نگهبان به راحتی ملعبه دست گزارشهای اطلاعاتی میشوند .
این اظهارات در حالی عنوان می شود که تمامی مقام های جمهوری اسلامی در رد صلاحیت ها نقش داشته و بارها پیش آمده است که در برابر آن سکوت کرده اند. در واقع مسئولین مرتبط تنها زمانی اقدام به اعتراض به رد صلاحیت ها کرده اند که افراد نزدیک به جناح خود رد صلاحیت شده باشند و در غیر این صورت معمولا سکوت اختیار کرده و واکنشی در این خصوص نداشته‌اند.
