موضوع ساخت سریال علیه وزارت امور خارجه که همچنان موضوع اختلاف و درگیری بین وزارت امور خارجه و اطلاعات سپاه رژیم جمهوری اسلامی است، به ابزاری برای تبلیغ علیه مذاکره ومخالفت با آن و همچنین تهدید وزارت امور خارجه و شخص محمدجواد ظریف در استانه انتخابات ریاست جمهوری تبدیل شده است وتلاش در این راستا که وزارت امور خارجه را ملعبه دست غرب و محیطی اماده برای نفوذ نیروهای اسرائیلی و جاسوسان غربی معرفی کند، در این سریال همچنان ادامه دارد.
پیش از این و با ساخت بخش اول سریال محمدجواد ظریف بارها گفته بود که سریال گاندو را اطلاعات سپاه بر علیه وی ساخته و هدف اصلی تخریب چهره سیاسی و دیپلماتیک او بوده است.بسیاری از تحلیلگران معتقدند باتوجه به زمان پخش برنامه و انتخابات ریاست جمهوری هدف از پخش برنامه فشار روانی برروی جواد ظریف است زیرا
نگرانی از احتمال کاندیداتوری محمدجواد ظریف و آگاهی از احتمال بالابودن رای وی در صورت کاندیداتوری برای انتخابات، از جمله دلایلی است که تلاش‌ها برای تخریب زود هنگام چهره ظریف را از طریق این سریال دوچندان کرده است و میخواهد فشار روانی را بر روی ظریف فشار دهد تا از کاندیداتوری منصرف شود .
تلاش برای تاکید بر باگ‌های نفوذی و جاسوسی در وزارت امور خارجه و اینکه در وزارت امور خارجه نیروهای نفوذی و جاسوس زمینه را برای لو رفتن اطلاعات در وزارت امور خارجه هموار کرده اند از جمله مواردی است که از طریق سریال گاندو برای تضعیف وزارت امور خارجه و همچنین وزارت اطلاعات در دستورکار قرار گرفته است.
گرچه برخی افراد و شخصیت‌های پیشین در دولت پیشنهاد داده‌اند که این بار اطلاعات سپاه بخش بعدی سریال را در انتقاد از حفره‌های امنیتی در وزارت اطلاعات و بخش‌های امنیتی بسازد.
منتقدان ظریف اصرار دارند که مسئولیت ترور فخری زاده و همچنین افدامات تروریستی علیه تاسیسات نظامی و هسته ای جمهوری اسلامی ایران به عهده وزارت امور خارجه و ظریف است. در سریال فردی به جای محمد علی شعبانی به عنوان مشاور ظریف نشان داده میشود که هم اکنون فراری است و گفته میشود در ارتباط با انگلستان بوده است و همچنین فردی نیز نقش داودی اصفهانی است که توسط اطلاعات سپاه به عنوان مشاور مالی و جاسوس دستگیرشد ولی وزارت اطلاعات با ان مخالفت کرد . ودرنهایت هم هیچکدام از نظر خود کوتاه نیامدند .
در این میان علی جنتی که وزیر سابق ار شاد دولت روحانی است در تویتی که لحن بسیار تندی دارد گفته پیشنهاد میکنم صدا و سیما، گاندو ۳ را به افشای شیوه های نفوذ جاسوسان اسرائیلی در نهادهای اطلاعاتی، امنیتی و نظامی کشور اختصاص دهد که مرکز مهم هسته ای نطنز را منفجر کردند، هزاران سند بکلی سری را سرقت کردند و در روز روشن شهید محسن فخری زاده را به شهادت رساندند و کمترین ردپایی از خود بجای نگذاشتند . این در حالیست که تاکنون مقامات ایرانی هنوز سرقت اسناد هسته ای را تایید نکرده اند و ان را مورد تکذیب قرار دادند و این نخستین اعتراف است که مشخص میکند اسراییل به مقر اسناد سری هسته ای در شور اباد نفوذ کرده و انها را به سرقت برده است .
حسام الدین آشنا، مشاور فرهنگی رییس جمهورهم نوشت ای کاش ضداطلاعاتی داشتیم که جرأت می‌کرد تحلیلی واقع‌بینانه از کارکرد امنیتی مجموعه‌های گاندو ارائه نماید.ای کاش آقای ظریف و وزیر اطلاعات حقایق را روشن نموده و قوه قضائیه هم عاقبت پرونده متهم جاسوسی در مذاکرات را اعلام می کرد.نباید کوتاه بینی‌های مقطعی جای هنر راهبردی را بگیرد.
اصولگرایان هم تهدید کرده اند که گاندو ۳، بعد از پایان دولت ساخته میشود و تازه دستگیری نفوذی های سیستم بعد از پایان دولت آغاز میشود . سطح درگیریهای این چنینی در ساختار قدرت نشانی از سردرگمی و سیستم و خطرناک بودن این درگیریها برای امنیت کشور است و میتواند مانند اتحاد شوروی در شرایط بحرانی به فروپاشی کشور منجر شود
