مسعود نیلی که مدتها بود خبر استعفایش بطور غیر رسمی منتشرشده بود، به طور رسمی استعفا داد که با مورد قبول حسن روحانی ریاست جمهوری ایران قرار گرفت.
روحانی در پاسخ به استعفای نیلی ، ضمن تشکر از همکاریها و مشاوره های نیلی در دولتهای یازدهم و دوازدهم ، با استعفای او از سمت دستیاری ویژه ی رییس جمهور در امور اقتصادی و دبیر ستاد هماهنگی اقتصادی موافقت کرده است گفته میشود .قبلا جلال پور رییس سابق اتاق بازرگانی گفته بود مسعود نیلی ده ماه است که استعفا کرده و در هیچ نشست دولتی شرکت نکرده است.مسعود نیلی ، دستیار ویژه ی حسن روحانی در امور اقتصادی و دبیر ستاد هماهنگی اقتصادی دولت می باشد که از مهرماه سال 1392 با حکم محمد نهاوندیان ، رییس دفتر روحانی ، ریاست موسسه ی عالی آموزش و پژوهش مدیریت و برنامه ریزی را عهده دار شد .پس از پذیرش استعفای نیلی توسط روحانی بنظر میرسد روحانی تغییرات دیگری در حوزه مشاورین اقتصادیش بدهدسوال این است که اکنون جهت گیری اقتصادی دولت روحانی به کدام سو خواهد بود
