در پی دیدار آیت الله شبیری با محمد خاتمی و نامه تند و هشدار توهین‌امیز محمد یزدی خطاب به وی مبنی بر اینکه چنین دیدارهایی نباید تکرار شود، بسیاری از شخصیت های سیاسی و مذهبی با اعتراض به اظهارات وی، یزدی را به این خاطر که جایگاه فقاهت را نادیده گرفته و به آیت الله شبیری که در حوزه جایگاه فقهی بالایی دارد دستور داده، مورد شماتت قرار داده‌اند.
مجمع مدرسین و محققین حوزه علمیه قم با انتشار بیانیه‌ای خطاب به یزدی وی را به رعایت تقوا توصیه کرده و از وی خواسته است تا دشمنی با افراد و گروه‌های سیاسی موجب نشود تا وی از عدالت دور شود.
در این بیانیه با تاکید بر استقلال مرجعیت شیعه و ضمن دفاع از جایگاه تراز اول آیت‌الله شبیری، دیدار وی با محمد خاتمی را دیدار یکی از استادان حوزه از شاگرد قدیمی خود عنوان و تاکید کرده است، وی این دیدار را بنا به مصلحت و صلاحدید خود انجام داده و اقدام محمد یزدی در دستور دادن به مرجع شیعه را هتک مرجعیت دانسته است.در این بیانیه همچنین با اشاره به سوابق سیاسی محمد خاتمی تاکید شده است وی با چنان جایگاه قدرتمند سیاسی و سابقه درخشان سیاسی و اعتبار بین مردم، چطور می تواند مساله دار باشد.
در این بیانیه همچنین با هشدار به جایگاه محمد یزدی از وی خواسته شده است تا در هنگام پیری در سابقه خود تامل کند و به اشتیاهات خود در مقابل مردم اعتراف کند و رضایت آنان را به دست آورد.
در این بیانیه این موضوع نیز مورد تاکید قرار گرفته که نامه سرگشاده یزدی به اعتبار جامعه مدرسین حوزه علمیه قم آسیبی جبران ناشدنی وارد شده و با اشاره به استعفای برخی اعضا از اینکه این نهاد سرمایه اجتماعی خود را از دست داده و در اختیار کسانی قرار گرفته که آن را بر سر هرکاری هزینه می‌کنند انتقاد کرده است.
برخی از منتفقدان با اشاره به اینکه رفتار محمد یزدی نشانه وارونه شدن رویکرد حوزه است، با اشاره به مرجعیت آیت الله شبیری دستور دادن مقلدین به یک مرجع تقلید را یک بدعت و اتفاق جدید در مرجعیت و موجب وهن مرجعیت عنوان کرده‌اند.آقای یزدی در زمان ریاست بر قوه قضاییه مورد تندترین انتقادها قرار داشت و وی با اقدامات غیر تخصصی و غیرحرفه ای خود که در دستگاه قضا انجام داد به اعتقاد برخی بیشترین صدمه را به دستگاه قضایی و بیشترین مانع را در ایجاد عدالت فراهم کرد.بسیاری از افراد در حوزه قضا، دوران صدارت یزدی بر قوه قضاتِیه را بدترین دوران قوه قضائیه در ایران می‌دانند و تاکید می‌کنند که زمینه اطاله دادرسی و غیرتخصصی شدن روند دادرسی به علت تعطیلی دادسراها در زمان وی بیشترین لطمه را به دستگاه قضایی وارد کرده است.ضمن اینکه اقدام یزدی در نگارش نامه توهین‌امیز به ایت الله شبیری همانگونه گه حسام الدین آشنا مشاور رئیس جمهور عنوان کرده است موجب شد تا شخصیت ایت الله شبیری به عنوان یکی از افراد برجسته حوزه که در حاشیه قرار داشت، به شدت در سطح جامعه مطرح شود و به مردم معرفی شود و دفاع یک پارچه همه شخصیت‌های سیاسی و مذهبی موجب شد تا جایگاه بااهمیت او مور توجه جامعه واقع شود.
دفتر شبیری نیز با صدور بیانیه‌ای با اشاره به اینکه ایشان تصمیم گرفته در این باره سکوت کند، اظهار داشت وی نظری در باره نامه یزدی ندارد و در این باره سکوت اختیار می‌کند.
در عین حال، دفاع شخصیت‌ها از آیت‌الله شبیری و تاکید آنها بر جایگاه مرجعیت، واکنش عجیب رسانه‌های نزدیک به محمد یزدی را به دنبال داشته است. روزنامه کیهان با انتقاد از این دفاع، گفته است اصلاح‌طلبان پیش از این، تقلید را کار میمون می‌دانستند، اما امروز نگران مرجعیت شده‌اند. آقای یزدی از افرادی است که بنظر میرسد همچنان از باخت خود در انتخابات مجلس خبرگان بسیار عصبانی است .
