روابط عمومی وزارت امور خارجه در پاسخ به سوال رسانه‌ها در مورد وضعیت مدیریت پرونده هسته‌ای، با تاکید بر اینکه هیچ تغییری در این خصوص ایجاد نشده است، اعلام کرد: مسئولیت انجام گفت‌و‌گو‌ها و مذاکرات در موضوع هسته‌ای همچون گذشته بر عهده وزارت امور خارجه است و این امر تحت مدیریت وزیر محترم توسط معاونت‌های سیاسی و حقوقی بین‌المللی انجام می‌شود. بدیهی است تعیین راهبرد مذاکراتی و انجام هماهنگی بین دستگاه‌های ذیربط همچنان توسط شورای عالی امنیت ملی صورت می‌گیرد.
گفتنی است، پایگاه اطلاع رسانی دولت پزشکیان روز گذشته با انتشار تصویری از حضور شمخانی در نمایشگاه آخرین دستاورد‌های پیشرفت هسته‌ای، او را مشاور سیاسی رهبری و مسوول پرونده هسته‌ای ایران نامیده بود.
در گزارش مرکز اطلاع‌رسانی دولت به نقل از مرکز اطلاع‌رسانی سازمان انرژی اتمی گفته شده شمخانی در این دیدار بر «اهمیت توسعه فناوری هسته‌ای در کشور» تاکید کرده است.
بر اساس این گزارش، شمخانی به آن‌چه شفافیت برنامه هسته‌ای ایران و پایبندی جمهوری اسلامی بر تعهدات بین‌المللی خوانده، گفته «ایران هیچ‌گاه به دنبال سلاح هسته‌ای نبوده و نخواهد بود، اما از حقوق قانونی خود در ابعاد سیاسی و فنی با تمام توان دفاع می‌کند.»
پیشتر، نزدیک به یک هفته پس از کشته‌شدن رئیسی در سقوط بالگرد، یک خبرنگار در مطلبی در شبکه ایکس نوشت مسئولیت پرونده مذاکرات هسته‌ای به شمخانی سپرده شده است. اما این نخستین‌بار است که پایگاه اطلاع‌رسانی رسمی دولت تائید می‌کند او مسئول این پرونده است.
تابناک در ۷ خرداد ۱۴۰۳، بر اساس همان گمانه‌زنی‌ها، گزارش داده بود مسئولیت پرونده هسته‌ای از اواخر اسفند ۱۴۰۲ به شمخان سپرده شده اما همچنان وزارت خارجه در حوزه دیپلماسی این پرونده را به پیش می‌برد.
گزارشی که با واکنش علی باقری کنی، سرپرست وقت وزارت خارجه مواجه شد. او ۸ خرداد اعلام کرد فعالیت‌های هسته‌ای ایران زیر نظر شورای عالی امنیت ملی پی گرفته می‌شود.
مسئولیت مذاکرات مربوط به پرونده‌هسته‌ای ایران در پی روی کارآمدن ابراهیم رئیسی، در آذر ۱۴۰۰ به علی باقری کنی، معاون سیاسی وزارت خارجه سپرده شد.
علی شمخانی پس از روی کار آمدن دولت سیزدهم و برکناری از دبیری شورای عالی امنیت ملی، از جلسات کمیته مدیریت هسته‌ای که در اواخر دوره دوم ریاست‌جمهوری روحانی شکل گرفته بود، کنار گذاشته شد.
کنعانی، سخنگوی وقت وزارت خارجه هم همان روزها در پاسخ به پرسشی درباره تغییر تیم مذاکره کننده هسته‌ای گفت بنای وزارت خارجه پاسخگویی به «شایعات فضای مجازی و اخبار غیر معتبر» نیست.
کنعانی اما هفتم خرداد در پاسخ به سوال خبرنگاری درباره اخبار غیررسمی سپرده شدن مذاکرات پرونده هسته‌ای جمهوری اسلامی به شمخانی گفت: «در مورد این موضوع نکته خاصی برای بیان کردن ندارم. هیات مذاکر‌ه‌کننده ایران در مذاکرات رفع تحریم‌ها، با هماهنگی و با اشراف نهادهای عالی بالادستی نظام، این مذاکرات را به پیش برده و در این چارچوب از همه ظرفیت‌های درون حاکمیت استفاده شده است.»
در ان زمان، بسیاری از رسانه‌های داخلی این پاسخ دو پهلوی سخنگوی وزارت امور خارجه اسلامی را تایید تلویحی این ماجرا ارزیابی کردند.
برخی رسانه‌ها هم این تغییر را واکنشی به مرگ ابراهیم رئیسی و حسین امیرعبداللهیان در سانحه بالگرد دانسته و آن را تغییر رویه کم‌سابقه ارزیابی کردند.
شمخانی خود تا ۱۶ آذر سال جاری درباه این گمانه‌زنی‌ها اظهارنظری نداشت. او در این روز در نشستی با دانشجویان بسیجی در پاسخ به پرسشی درباره برنامه هسته‌ای گفت او هنوز مسئول پرونده هسته‌ای ایران است.
