بدنبال تغییر علی شمخانی مجادلات و چالش‌ها در خصوص تغییر دبیر شورای عالی امنیت ملی و همچنین سرانجام برجام، بی‌آنکه به نتیجه‌ی مشخصی منجر بشود همچنان ادامه دارد.
در حالی که اصلاح‌طلبان کنار گذاشته شدن شمخانی را به دلیل جلسات مشاوره‌ای وی با اصلاح‌طلبان و به نوعی تنبیه وی توسط رهبری و همچنین دولت مستقر ابراهیم رئیسی می‌دانند، برخی دیگر از تحلیلگران تاکید دارند که کنار رفتن علی شمخانی از دبیری شورای عالی امنیت ملی بخشی از تغییرات درون نظام است که هرازگاهی رخ می‌دهد و جانشینی فردی شبیه به شمخانی به دبیری شورای عالی امنیت ملی را استمرار سیاست‌های نظام در حوزه‌ای امنیت ملی می‌دانند.
برخی تحلیلگران تغییرات جدید در شورا را بخشی از اراده ی نظام برای ایجاد برخی تغییرات در روند پروندهی خارجی جمهوری اسلامی ایران می‌دانند و تاکید دارند این تغییر به معنای تصمیم‌گیری‌ها و روش‌های جدید در پروندهی هسته‌ای جمهوری اسلامی ایران خواهد بود.
با این حال قاسم محبعلی، مدیرکل سابق بخش خاورمیانه وزارت خارجه، با بیان این موضوع که ماموریت اصلی شورای عالی امنیت ملی در مورد مسائل امنیتی است، تاکید کرده است که ماموریتی برای دیپلماسی در این نهاد پیش بینی نشده است. وی با این وجود تاکید کرده است که با وجودی که ماموریتی در حوزه‌ی دیپلماسی برای نهاد شورای امنیتی ملی پیش‌بینی نشده است، اما این نهاد در دو دوره مسئولیت مذاکرات هسته‌ای را برعهده گرفته است، که یک دوره‌ی آن در زمان روحانی موفق بوده و دوره‌ی بعدی ناموفق بوده است. محبعلی تاکید دارد که شش قطعنامه تحریمی در فصل هفت، جمله ثمرات و نتایج فعالیت شورای عالی امنیت ملی در دور دوم مذاکرات هسته‌ای در دولت احمدی نژاد است. به ریاست جلیلی بوده است.
وی همچنین با اشاره به اینکه در حال حاضر فرقی نمی‌کند که وزارت خارجه مسئول مذاکرات باشد یا شورای عالی امنیت ملی، در عین حال تاکید کرده است که وزارت خارجی در این خصوص حرفه‌ای تر برخورد می‌کند. وی با بیان این موضوع که در تمام دنیا وزارت امور خارجه مامور این پرونده‌هاست، تاکید دارد که حرفه‌ی گفتگو در وزارت امور خارجه انباشته شده است.
با این حال وی تصریح دارد که وزارت خارجه فعلی توان کافی ندارد و بیشتر کارشناسان باسابقه‌ی وزارت امور خارجه بازنشسته شده‌اند. وی تصریح کرده است که در وزارت خارجه‌ی فعلی فقر کارشناسی و مدیریتی وجود دارد.
بسیاری از کارشناسان و تحلیلگران تاکید دارند که اهمیتی ندارد که وزارت امور خارجه عهده‌دار مذاکرات خارجی باشد یا شورای عالی امنیت ملی، تصمیمات کلیدی در حوزه‌ی سیاست خارجی در خود بیت رهبری و در بخش مجزایی از نظام گرفته می‌شود و علی خامنه‌ای پیش از این به صراحت این موضوع را که وزارت امور خارجه تنها شان اجرای دستورات را دارد و تصمیمات در آن گرفته نمی‌شود را بیان کرده است.
و تصمیم گیری در پرونده هسته ای در اختیار شورای عالی امنیت ملی نیست و آنها فقط کارگزار هستند و فقط می‌توانند از نظر فنی یک سری کار‌ها را پیش ببرند.
این کارشناس وزارت امور خارجه معتقد است که این تغییر اخیر اهمیتی ندارد و مهم نیست چه کسی در آن جا باشد.
پیش از این بارها محمدجواد ظریف این موضع نظام جمهوری اسلامی ایران در مواجهه با وزارت امور خارجه را مورد انتقاد قرار داده و آن را وهن دستگاه دیپلماسی جمهوری اسلامی عنوان کرده بود و بارها تاکید کرده بود که این موضع جمهوری اسلامی اعتبار وزیر امور خارجه در تعاملات و مراودات بین‌المللی را زیر سوال می‌برد و شان بین‌المللی آن را سلب می‌کند. خامنه‌ای صراحتا به وی پاسخ داد و به صراحت عنوان کرد که نه تنها تصمیمات در وزارت امور خارجه گرفته نمی‌شود، بلکه در نظام جمهوری اسلامی ایران، میدان بر دیپلماسی مقدم است و اولویت دارد. این موضع‌گیری علی خامنه‌ای بسیاری را به انتقاد از آن برانگیخت و مرزبندی جدیدی بین حامیان قبلی و فعلی جمهوری اسلامی ایران ایجاد کرد.
