موضوع سقط جنین و دریافت مجوز قانونی در این خصوص همچنان یکی از چالش‌های جدی در مجلس و شورای نگهبان است. در حالی که برای رفع مشکلاتی که در زمینه‌ی سقط جنین، حتی سقط جنین موارد مشکوک به بیماری‌های ژنتیکی وجود دارد، امیرحسین بانکی پور، رئیس کمیسیون مشترک طرح جوانی جمعیت مجلس شورای اسلامی با اشاره به مخالفت شورای نگهبان با تشکیل شورای فقهی سقط، گفته است این شورای به بندهای مربوط به سقط و غربالگری در طرح جوانی جمعیت برخی ایرادات فقهی گرفته و با آن مخالفت کرده است.
رئيس کمیسیون مشترک طرح جوانی جمعیت مجلس شورای اسلامی همچنین گفته است اشکالات شورای نگهبان به این طرح عمدتا به مواد مربوط به غربالگری و سقط درمانی مربوط می‌شود. وی در عین حال تاکید کرده است ایرادات جزئی فقهی در این مواد وجود داشته و قرار شده است که با کمک شورای فقهی قم و نظرات آنها، اشکالات این طرح برطرف شود.
بانکی پور همچنین گفته است پیش از این قرار شده است که یک شورای فقهی برای صدور مجوز سقط درمانی تشکیل شود، اما شورای نگهبان تشکیل شورای فقهی سقط را قبول نکرد. به گفته‌ی بانکی پور، این موضوع از طرح حذف شده و در حال حاضر تنها نظر قاضی برای سقط لازم است.
بنا به گفته‌ی رئیس کمیسیون مشترک طرح جوانی جمعیت مجلس، در حال حاضر شورای فقهی سقط حذف شده، اما برای صدور مجوز سقط، نظر قاضی لازم است و برای صدور مجوز سقط درمانی نیاز به امضای قاضی است.
وی همچنین خاطرنشان کرده است که بر اساس مذاکراتی که با شورای نگهبان صورت گرفته است، سن جنین در زمان سقط باید کمتر از ۴ ماه باشد و آثار حلول روح در جنین وجود نداشته باشد.
برخی تحلیلگران و پزشکان تاکید دارند که با رد تشکیل شورای سقط جنین توسط شورای نگهبان، تصمیم‌گیری درباره‌ی سقط جنین بیمار و موارد بیماری ژنتیکی برای والدین و همچنین پزشکان، آسان‌تر خواهد شد.
محدود شدن تصمیم‌گیری درباره‌ی سقط جنین فقط توسط قاضی، امکان تداخل آرا را در این خصوص کاهش خواهد داد و در صورت نیاز به انجام سقط به خاطر بیماری‌های ژنتیکی، شرایط برای کسانی که به صدور مجوز شرعی سقط نیاز دارند، سهل تر خواهد شد.
موضوع سقط جنین یکی از چالشی‌ترین موضوعات در جمهوری اسلامی ایران در حوزه‌ی پزشکی است و حساسیت در این خصوص به حدی بالاست که بارها در ادوار مجلس، نمایندگان تلاش زیادی را کرده‌اند که سقط جنین به هر دلیل ولو به دلیل بیماری‌های صعب‌العلاج ژنتیکی را ممنوع اعلام کنند. با این وصف تلاش‌های فعالان مدنی از یک سو و جامعه‌ی پزشکی از سوی دیگر با تاکید بر هزینه‌های سرباری که هم به جامعه و هم به خانواده‌ها به خاطر وجود بیماری‌های ژنتیکی تحمیل می‌شود، این امکان را ایجاد کرده است که در موارد محدودی امکان سقط جنین به صورت قانونی و شرعی برای برخی بیماری‌ها فراهم باشد.
