بر خلاف آنچه که انتظار می‌رفت شورای نگهبان، با اصلاحاتی مصوبه مجلس در خصوص خروج ایران از پروتکل الحاقی را تایید کرد و بر این اساس دولت مکلف شده است تا در صورت عدم لغو تحریم‌ها، در کمتر از دو ماه دیگر از ان پی تی خارج شود و اقدامات هسته‌ای جمهوری اسلامی را به قبل از برجام باز گرداند و در همان حال ذخایر اورانیوم کشور را نیز افزایش دهد و غنی‌سازی بیست درصدی را نیز آغاز کند.
اقدام مجلس گرچه با مخالفت گسترده مواجه شده است و بسیاری تاکید کرده‌اند تصمیم‌گیری در خصوص روند هسته‌ای به شورای عالی امنیت ملی مربوط می‌شود، اما شورای نگهبان بر خلاف اختیاراتی که در این زمینه دارد و فراتر از این اختیارات، اقدام به تایید مصوبه مجلس کرد و با وجودی که این اقدام خلاف چارچوب اجرایی کشور است، مجلس را بدون اینکه از نقش راهبردی در این خصوص برخوردار باشد مجاز دانست که درباره مهم‌ترین و حیاتی‌ترین مساله‌ی درگیری جمهوری اسلامی مذاخله کند و با وجود مخاطرات این اقدام، ایران را تا مرحله جنگ پیش ببرد.
بسیاری امیدوار بودند که شورای نگهبان با رد مصوبه، مانع از اقدام مجلس در این خصوص شود، اما شورای نگهبان بر خلاف انتظارات و همچنین بر خلاف روال پیشین خود در خصوص تاخیر در تصویب مصوبات مجلس در کمتر از یک روز از دریافت مصوبه‌ی مجلس، آن را برای انجام اصلاحات به مجلس برگرداند و با اعمال تغییرات توسط مجلس در اقدامی تقریبا بی‌سابقه آن را در همان روز به تصویب رسانید.
این اقدام شورای نگهبان در تایید فوری مصوبه مجلس در حالی انجام می‌شود که در مجلس قبلی تصویب برخی از مصوبات مجلس قبلی تا روزها و هفته‌ها به طول می‌انجامید و شورای نگهبان بارها دلیل عدم تایید مصوبات را عدم برگزاری جلسات و یا شلوغی برنامه‌های شورای نگهبان و در نوبت بودن مصوبات مجلس برای تایید عنوان می‌کرد.
جهانگیری معاون اول رئیس جمهور نیز در واکنش به اقدام مجلس شورای اسلامی ابراز امیدواری کرده بود شورای نگهبان در این خصوص پاسخ مثبتی داشته باشد. وی تاکید کرده بود که نامه‌ای به جنتی دبیر ۹۵ ساله شورای نگهبان ارسال شده و در این نامه از وی خواسته شده است که واگذاری مدیریت هسته‌ای به شورای عالی امنیت ملی مورد توجه شورای نگهبان قرار بگیرد.
وی در عین حال تاکید کرده بود که حتی دولت هم در حد گزارش‌گیری در جریان تصمیمات هسته‌ای قرار دارد و دولت در تصمیم‌گیری مداخله‌ای ندارد. جهانگیری تاکید کرده است که مصوبات شورای عالی امنیت ملی به تایید رهبری می‌رسد.
در همان حال حسام‌الدین آشنا مشاور رئيس جمهور هم اقدام مجلس را یک بازی زیرکانه خوانده و تاکید کرده است که مجلس با این اقدام می‌خواهد از اقدامات بایدن به نفع خود بهره‌برداری کند. وی با اشاره به اینکه بایدن در ماه اول کار خود بعضی گشایش‌های اقتصادی را ایجاد خواهد کرد،مجلس این امکان را خواهد داشت تا اقدامات احتمالی بایدن را به نفع خود مصادره کند و آن را ناشی از اثربخش بودن تهدید مجلس قلمداد کنند.
وی اظهار داشته است مجلس با این اقدام در صدد است تا گشایش اقتصادی احتمالی پس از روی کار آمدن بایدن را به نفع خود مصادره کند و آن را نه ناشی از تحلیل درست دولت و وزارت امور خارجه و سه سال استقامت ملی بلکه به‌اسم طرح مجلس و فشار تهدید نشان دهد. وی همچنین خاطرنشان کرده است که مجلس با این اقدام خواهد توانست برای بازی انتخابات ۱۴۰۰ هم بهره‌برداری کند.
در همان حال برخی از فعالان سیاسی نیز خواستار برخورد جدی دولت با این اقدام مجلس شده‌اند. تاج‌زاده در واکنش به این اقدام مجلس اظهار داشته بود اگر شورای نگهبان اقدام به تایید مصوبه مجلس کند، بهتر است روحانی کناره‌گیری کند و این امکان را فراهم کند تا یکی از منصوبان رهبری ادامه‌ی دولت را در ماه‌های آینده به عهده گیرد. گرچه تحلیل‌گران بارها تاکید کرده‌اند که حسن روحانی به دلیل رویکرد خود به قدرت و جایگاهی که برای خود در نظام قائل است و بلندپروازی‌های سیاسی خود هرگز دست به چنین اقدامات تند و رادیکالی نخواهد زد.
روحانی در عین حال در واکنش به این اقدام اظهار داشت دولت وی همانگونه که وعده داده است تا پای لغو تحریم‌ها خواهد ایستاد. گرچه برخی تحلیل‌گران تحقق چنین امری را در یک ماه اول روی کار آمدن بایدن، آنگونه که مجلس به وی مهلت داده است، ناممکن می‌دانند. در عین حال با توجه به میزان تعداد بالای نمایندگان رای دهنده و سرعت تصویب از سوی شورای نگهبان مشخص است که رهبر جمهوری اسلامی مشخصا در پشت این موضوع قرار دارد و معلوم نیست که واکنش احساسی جمهوری اسلامی در مورد مسئله غنی سازی، بحرانهای جدی میتواند برای کشور رقم بزند .
