در پی اظهارات تند و انتقادی سید کمال حیدری،مدرس حوزه در انتقاد از موضوعات دینی وسیاسی و طرح شبهاتی توسط وی در خصوص برخی از مسائل دینی،دفتر وی در شهر قم تعطیل و خود وی نیز تحت‌الحفظ به تهران اورده شده است.
کمال حیدری جزو آن دسته از علمای حوزه است که با طرح انتقادات تند در خصوص اعتقادات دینی،به گفته‌ی برخی از باورمندان دینی، با طرح شبهه در دین، اعتقادات دینی مردم را سست کرده و اعتقاد مردم به دین و روحانیت را از بین می‌برد.
اظهارات تند وی در خصوص حجاب، طرح شبهه در خصوص اسناد و منابع حوزه و اظهارات اخیر وی در خصوص ناتوانی دین در مقابله با کرونا از جمله موارد مهمی است که به گفته‌ی بسیاری به واکنش شدید حوزه علیه وی و تعطیلی کلاس‌ها و خارج کردن وی از قم و حوزه منجر شده است.
حیدری در خصوص حجاب، حجاب و پوشش را مربوط به صدر اسلام دانسته و گفته بود محدودیت‌های مطرح‌شده در این خصوص مربوط به بافت فرهنگی آن دوران و ان سرزمین است و قابل تعمیم به دیگر دوران‌ها، دیگر کشورها و فرهنگ‌ها و دوران معاصر نیست.
وی همچنین در مواجهه با موضوع کرونا با اشاره به اینکه دین حرفی در این خصوص ندارد،گفته بود مردم خواستار پاسخگویی دین در خصوص راه‌های مقابله با کرونا هستند و این سوال را می‌پرسند که دین که مدعی است، برای مبارزه با کرونا چه راهکار و دستورالعملی دارد.
با این وصف، به نظر می‌رسد طرح شبهه حیدری در خصوص اعتبار منابع حوزه مهم‌ترین دلیل برای واکنش تند حاکمیت علیه وی و تصمیم حاکمیت برای تعطیلی دفتر و خروج وی از حوزه و قم بوده است.
به گفته‌ی ناظران، حیدری با طرح اظهاراتی به نقل از شیخ مفید، با بیان این موضوع که وی گفته است شیخ صدوق دین نداشته و تابع هوا و هوس بوده است، اعتبار مباحث کلامی و روایی فقهی را زیر سوال برده و منابع حوزه را از اعتبار ساقط کرده است.
حیدری گفته است شیخ مفید در بخشی از کتاب خود، شیخ صدوق را بی‌دین،تابع هوا و هوس، ناقص‌العقل و ضعیف‌الرای توصیف کرده و وی را دیوانه خوانده است.
این سخنان درباره‌ی شیخ صدوق، که به گفته‌ی آیت‌الله حیدری در کتاب شیخ مفید نقل شده، از این نظر حائز اهمیت است که شیخ مفید شاگرد شیخ صدوق بوده است و اظهارات وی نمی‌تواند نادرست باشد.
به گفته‌ی ناظران چه شیخ صدوق و چه شیخ مفید از ستون‌های فکری حوزه‌های علمیه هستند و تقریبا ۹۰درصد مباحث کلامی حوزه از شیخ مفید و بیش از ۵۰ درصد مباحث روایی حوزه از شیخ صدوق است.
به گفته‌ی آیت‌الله حیدری اگر اتهامات شیخ مفید راست باشد نزدیک به ۵۰ درصد فقه حوزه بر باد است و اگر ادعای وی دروغ باشد، شیخ مفید از عدالت خارج است و ۹۰ درصد مبانی کلامی حوزه بر باد است.
این اظهارات در خصوص شیخ صدوق از طرف شیخ مفید در حالی عنوان شده است که یکی از کتاب‌های او یکی از چهار کتاب اصلی فقه حوزه است.
اظهارات حیدری با واکنش تند جامعه مدرسین حوزه علمیه قم مواجه شده و موجب شده است جامعه مدرسین، در واکنش به اظهارات وی با امضای محمد یزدی، بیانیه‌ای صادر و جامعه اسلامی را از فتنه چنین افرادی برحذر بداند.
در این بیانیه تاکید شده است هرگز نباید سخنان نادرست وی را به پای دین و مذهب روحانیت و عالمان دینی به شمار آورد.
در این بیانیه حیدری را به عنوان یکی از منتسبان حوزه‌های علم مورد خطاب قرار داده که هرازگاهی درباره محکمات اسلام و تشیع سخنانی ناروا مطرح می‌کند.
یزدی در این بیانیه با اشاره به اینکه جامعه مدرسین حوزه علمیه قم از چندسال پیش وی را زیر نظر دارد، گفته است با این وصف جامعه مدرسین در برابر تحلیل‌ها و مطالب نادرست و ناتمام وی صبر و بردباری در پیش گرفته است.
وی همچنین در این نامه به بی‌نطمی وی در تحصیل اشاره کرده و گفته است وی فراگیری از استادان را به حد کفایت نرسانده است.
همچنین در این بیانیه گفته شده است اظهارات وی در یکی از برنامه‌های سیمای کوثر به خاطر توانایی علمی خود وی نبوده بلکه به واسطه اطلاعات و استناداتی بوده که گروهی متخصص در اختیار وی قرار می‌داده‌اند و او تنها آن را اجرا می‌کرده است.
جامعه مدرسین به نمایندگی از محمد یزدی در این بیانیه تاکید کرده است بسیاری با وی گفتگو کرده و به او نسبت به نادرست بودن شبهات وی هشدار داده‌اند،اما وی با وجود پذیرش بخشی از این مشکلات،و تعهد نسبت به جبران خطاهای خود،همواره خلاف‌عهد عمل کرده و روش خود را تصحیح نکرده است.
جامعه مدرسین در این بیانیه تاکید کرده است وی ضمن اصرار بر ادامه و نشر خطاها از حضور در محافل تخصصی و علمی هم خودداری می‌کند.
رویکرد انتقادی نسبت به حوزه از جمله موصوعاتی که همواره با واکنش تند حوزه‌ی علمیه مواجه شده و حوزه هیچگاه با طرح انتقاد از حوزه و بازنگری در روش‌های پیشین روی خوش نشان نداده است.
برخی تاکید دارند راه نجات حوزه از فروپاشی و اضمحلال، بازنگری انتقادی است که حوزه به آن تن نمی‌دهد.
