پس از آنکه شریعتمداری در یادداشتی خطاب به آیت‌الله سیستانی، وی را به خاطر درخواست از نماینده‌ی سازمان ملل برای نظارت سازمان ملل بر انتخابات پارلمانی عراق مورد شماتت قرار داده بود، در پی واکنش‌ها نسبت به این اظهارات،مجبور به عذرخواهی از آیت‌الله سیستانی شد و در یادداشت دیگری، ضمن تاکید بر این که آن یادداشت را هم از سر ارادت و خیرخواهی نوشته است، اظهار داشت اظهارات وی خطاب به آیت‌الله سیستانی ویادداشت وی در این خصوص، ناشی از متن فارسی غیردقیقی بوده است که توسط دفتر سیستانی منتشر شده است و این شبهه را ایجاد کرده است که آیت‌الله سیستانی خواستار نظارت مستقیم سازمان ملل بر انتخابات آینده‌ی عراق شده است.
شریعتمداری با اشاره به این که انتشار بیانیه دفتر آیت‌الله سیستانی نشان داده است که برداشت وی با واقعیت فاصله داشته است، اظهار داشت بر خلاف متن فارسی منتشر شده توسط دفتر آیت‌الله سیستانی، وی خطاب به نماینده سازمان ملل خواستار حفظ شفافیت با هماهنگی هیات سازمان ملل شده است و صحبتی از نظارت مستقیم به میان نیامده است.
شریتمداری در ادامه‌ی این یادداشت با اشاره به این که آیت‌الله سیستانی خواستار نظارت با ضوابط سازمان ملل شده است، و نه نظارت سازمان ملل بر انتخابات عراق، از اظهارات پیشین خود خطاب به آیت‌الله عذرخواهی کرد. وی در عین حال تاکید کرد که بر خلاف برداشتی که صورت گرفته است،یادداشت وی توهین‌آمیز نبوده و از سر ارادت بیان شده است.
عذرخواهی شریعتمداری از اظهارات خود درباره‌ی آیت‌الله یستانی در حالی عنوان می‌شود که نوری المالکی نخست وزیر پیشین عراق و رهبر ائتلاف قانون عراق نیز در واکنش به اظهارات شریعتمداری این اظهارات را توهین به مرجعیت و توهین به همه‌ی مردم عراق دانست و با بیان این موضوع که وی همواره در سخت‌ةرین شرایط از کشور پشتیبانی کرده است، تاکید کرد سیستانی مورد حمایت همه‌ی طیف‌های عراق قرار دارد.
مقام‌ها در ایران نیز در واکنش به اظهارات شریعتمداری ضمن محکوم کردن اظهارات وی در این خصوص، آیت‌الله سیستانی را کانون مرجعیت شیعه در منطقه خوانده و با تاکید بر جایگاه وی، اظهارات شریعتمداری را در این خصوص محکوم کرده‌اند.
موضع‌گیری نادرست شریعتمداری در خصوص اظهارات سیستانی، جمهوری اسلامی را به واکنش نیمه رسمی در خصوص جایگاه آیت‌الله سیستانی برای جمهوری اسلامی نیز واداشته است و محمدجواد ظریف وزیر امور خارجه ایران در واکنش به این جایگاه و اظهارات سردبیر کیهان با تاکید بر اینکه آیت‌الله سیستانی، دروازه امنیت منطقه و سرمایه‌ای برای کل جهان اسلام است، از موقعیت وی در منطقه و همچنین جایگاه وی در جمهوری اسلامی دفاع کرده است. محمدجواد ظریف همچنین در توئیت رسمی خود از نقش مهم آیت‌الله سیستانی در برقراری امنیت و ثبات در عراق، حفظ حاکمیت و تمامیت ارضی آن، و خلاصی عراق از نیروهای اشغالگر و ساختن یک عراق جدید با توجه به نیازهای مردم دفاع کرده و جایگاه وی را برای جمهوری اسلامی ابران، منطقه و عراق مهم ارزیابی کرده است.
به گفته‌ی تحلیل‌گران، موقعیت سیستانی در عراق به علت رویکرد سیاسی معتدل وی در مواجهه با شرایط سیاسی در منطقه، در حفظ ثبات در منطقه تاثیر قابل توجهی دارد و به گفته‌ی بسیاری خنثی‌کننده‌ی اقدامات چالش‌برانگیز جمهوری اسلامی در منطقه و اقدامات تنش‌زای جمهوری اسلامی هم هست.
