واکنش‌ها به نامه‌ی آیت الله محمد موسوی خویینی‌ها دبیرکل مجمع روحانیون مبارزو دادستان کل کشوربه آیت‌الله خامنه‌ای همچنان ادامه دارد. وی که در این نامه نسبت به مشکلات اقتصادی مردم هشدار داده، اوضاع را غیرقابل دوام اعلام کرده و تاکید کرده است مشکلات فعلی اقتصادی ناشی از شیوه مدیریت کشور در بالاترین سطح است.
خوئینی‌ها در این نامه خطاب به خامنه‌ای با اشاره به این که شنیده‌ها و مشاهدات در خصوص وضعیت مردم نشان می‌‌دهد که شرایط موجود زیبنده‌ی نظام اسلامی نیست تاکید کرده که شرایط فعلی موجب آسیب دیدن باورهای مردم در خصوص مشروعیت نظام اسلامی شده است. وی تاکید کرده است که بسیاری از مردم در همه‌جا سخنانی را بیان می‌کنند که ناشی از عمق بی‌اعتقادی و بی‌اعتمادی آنها نسبت به مدیریت کلان و مدیران کشور است.خوئینی‌ها در نامه‌ی خود خطاب به خامنه‌ای یادآور شده است که تورم روزافزون، و کاهش درآمد اقشار گسترده، نه‌تنها زندگی امروز مردم را گرفتار دشواری‌های طاقت‌فرسا کرده است، بلکه موجب گسترش ناهنجاری در درون بسیاری از خانواده‌ها شده و مردم را نگران آینده‌ی نامعلوم خود و فرزندان آنها کرده است. خوئینی‌ها همچنین یه مشکلات طاقت‌فرسای اقتصادی مردم اشاره کرده و تاکید کرده است در این اوضع نابسامان مردم گرفتار بی‌عدالتی‌های غیرقابل‌انکار شده‌اند.وی تاکید کرده است هنوز هم کسانی هستند که از عالی‌ترین جایگاه مدیریت کشور انتظار دارند اقدام به اصلاح امور کند و وضع نامطلوب فعلی را تغییر دهد. وی یادآور شده است که از نظر این افراد و گروه بسیار زیادی از مردم اوضاع غیرقابل‌دوام امروز صرفا معلول تصمیمات مدیرانی که می‌آیند و می‌روند نیست. خوئینی‌ها در این نامه خاطرنشان کرده است که از نظر مردم شیوه‌ی مدیریت در بالاترین سطح، و قدرت نافذ آن، نقش‌آفرین اصلی در تمام یا اکثر امور مهم کشور است. خوئینی‌ها تاکید کرده است که در این رویکرد مردم کینه‌توزی دشمنان انقلاب به ویژه آمریکا و اسرائيل را نادیده نمی‌گیرند.
وی تاکید کرده است با این وصف مردم معتقدند که اگر عالی‌ترین سطح مدیریت در کشور، باید با ملاحظه‌ی مشکلات و چالش‌های موجود شیوه‌ی مناسبی را در مدیریت امور به کار می‌بست امروز مردم در این آشفتگی‌های فرهنگی و اقتصادی و اجتماعی گرفتار نمی‌شدند.
وی در پایان نامه‌ی خود خطاب به خامنه‌ای متذکر شده است که بسیارند صاحب‌نظرانی که حق دارند و باید مجاز باشند تا با انتقاد از شرایط، درست و نادرست این روش را تذکر دهند و خواستار اصلاح امرو شوند.
اعتراض خوئینی‌ها به شرایط اقتصادی کشور و انتقاد صریح وی از خامنه‌ای در ایجاد این وضعیت یکی از صریح‌ترین انتقاداتی است که از طرف یکی از افراد لایه‌ی اول انقلاب اسلامی نسبت به انقلاب و رهبری انقلاب ابراز شده است و یکی از صریح‌ترین انتقاداتی است که به طور مستقیم شخص رهبر جمهوری اسلامی را نشانه گرفته است.
گرچه بسیاری از تحلیل‌گران دلیل اظهارات خوئینی‌ها به مدیریت خامنه‌ای را با موقعیت سیاسی خوئینی‌ها در نظام سیاسی جمهوری اسلامی ایران مرتبط می‌دانند و تاکید دارند که این اختلاف با شخص خامنه‌ای ریشه در گذشته‌ی انقلاب اسلامی دارد و حتی در جلسه‌ی انتخاب خامنه‌ای به عنوان رهبر نیز نمود یافته است، اما برخی دیگر از تحلیل‌گران با وجود تایید این تحلیل‌های تاریخی و نقش آن در شکل گیری انتقادات فعلی، تاکید دارند که مهم‌تر از ریشه‌های تاریخی این اختلافات، انتقاد صریح افراد وابسته به حکومت از نحوه‌ی اداره‌ی انقلاب اسلامی و مورد سوال قرار دادن نحوه‌ی حکومت اسلامی است که تا پیش از این در سکوت مشکلات آن را می‌پذیرفتند و در مقابل آن سکوت می‌کردند.
به نظر می‌رسد شخص خوئینی‌ها در نقش صریح مدیریت کلان جمهوری اسلامی یعنی شخص خامنه‌ای در ایجاد وضعیت فعلی اقتصادی مردم به نقش خامنه‌ای در قطع روابط خارجی تاکید دارد وتاکید او از این نظر است که فشار خامنه‌ای برای قطع ارتباط با جهان به چنین مشکلات لاینحل اقتصادی در جمهوری اسلامی انجامیده است. اما به گفته‌ی تحلیل‌گران شخص خوئینی‌ها فراموش کرده است که نقطه‌ی آغاز قطع این روابط در سطح بین‌المللی شخص خوئینی‌ها و همراهی او با گروه دانشجویان تندروی چپ در سال نخست انقلاب اسلامی است که به حمله به سفارت امریکا، گروگان‌گیری و آغاز تحریم‌های سنگین و هولناک علیه ایران انجامید و آغاز قطع روابط بین‌آلمللی حکومت جدید ایران را که با کشورهای بزرگ جهان که به گفته‌ی برخی پیشاپیش در خصوص تداوم روابط بین‌المللی با آیت‌الله خمینی به توافق رسیده بودند رقم زد.
حسین شریعتمداری رییس موسسه کیهان و از افراد نزدیک به خامنه‌ای و منتقد تند اصلاح طلبان نیز با اشاره به این نامه اقدام وی را به اقدام طلحه وزبیر تشبیه کرده و وی را به این خاطر که تمامی مشکلات و بلاهایي که خود و دوستان هم حزب و گروهشان به مردم مظلوم این دیار تحمیل کرده‌اند را به کلیت نظام نسبت می‌دهند.
این اظهارات در حالی عنوان می‌شود که امثال شریعتمداری نمی خواهند این واقعیت را بپذیرند که دردوره موسوم به اصلاحات است تمامی شاخصها درروندهای تولید اقتصادی در جمهوری اسلامی مثبت بوده و ایران در مسیر توسعه شرایط اقتصادی مناسبی را برای کشور ایجاد کرده است.
در انتقاد و در واکنش به نامه‌ی خوئینی‌ها برخی از اصولگرایان وی را فرمانده جدید فتنه دانسته و با اشاره به انتساب او به اصلاحات انتقاد وی از مدیریت کلان نظام را نشانه‌ی آغاز تحرکات برای ایجاد فتنه جدید دانسته و با اشاره به اینکه مشکلات فعلی ناشی از اقدامات دولت است و شخص رئیس جمهور در این خصوص مقصر اصلی است، یادآور شده اند بیش از ۹۵ درصد اختیارات در خصوص بودجه و اجرائیات در اختیار رئیس جمهور قرار دارد. این اظهارات در حالی عنوان می‌شود که نه تنها بخش مهمی از بودجه‌ی کشور در اختیار رئیس جمهور نیست و یا در اختیار نهادهای خاص مانند سپاه قرار دارد و یا زیر نظارت مستقیم شخص خامنه‌ای و حتی معاف از مالیات است، بلکه رئيس جمهور حق تصمیم‌گیری مستقل در خصوص مسآئل مختلف و مهم اجرایی کشور را نیز ندارد
و رهبر با مداخله در داخلی‌ترین لایه‌های اجرایی، من‌جمله نصب و عزل‌ها و انتصابات حتی دست رئیس جمهور برای انتخاب تیم اجرایی را نیز در برخی از پست‌های حساس بسته است.
ضمن اینکه تصمیمات کلان کشور که منجر به شرایط اقتصادی فعلی در کشور شده من‌جمله شیوه‌ی ارتباط با دیگر کشورها و روابط بین‌المللی، در اختیار مستقیم شخص خامنه‌ای است و هیچ دستگاهی در کشور و نیز شخص رئیس جمهور حق تصمیم‌گیری مستقیم در این خصوص را ندارند.
منتقدان اظهارات خوئینی‌ها با انتقاد از تاکید وی بر نقش خامنه‌ای در ایجاد وضعیت فعلی یادآور شده‌اند که اگر اظهارات و انتقادات خوئینی‌ها صحیح باشد نیازی با جان‌فشانی اصلاح‌طلبان برای شرکت در انتخابات ریاست جمهوری و انتخاب فرد موردنظر آنها برای ریاست جمهوری نیز نیست و صندوق رای اهمیتی ندارد که اصلاح‌طلبان برای تصرف آن تا این حد تلاش می‌کنند.
