گرچه رژیم ایران به طور رسمی تا مدتها در باره قتل خاشقچی موضوع‌گیری رسمی نکرده بود ،و تلویحا ادعا میکرد هدف از تحریم‌ها علیه ایران، انحراف افکار عمومی جهان از موضوع کشته شدن خاشقچی است.، اما عدم پاسخ سعودیها به سکوت آشتی جویانه رژیم باعث شد حسن روحانی به میدان آید و درحالیکه در کارنامه رژیم حداقل 500 قتل مخالفان در داخل و خارج کشور به صورت قتل و ربایش وجود دارد ، قتل خاشقجی را فاجعه ای بداند و خواستار مجازات مرتکبانش شود .
در این حال در پی تحریم‌های جدید امریکا علیه ایران، که طی آن دو شهروند ایرانی به علت حمایت از طالبان مورد تحریم ایالات متحده قرار گرفته‌اند، محمد جواد ظریف، وزیر امور خارجه ایران روز چهارشنبه در واکنش به اقدام وزارت خزانه‌داری آمریکا در تحریم این دو شهروند ایرانی، آن را اقدامی برای منحرف کردن اذهان از اخبار مربوط به قساوت سعودیها در استانبول و یمن عنوان کرده است.
در همین حال محمدصالح جوکار، معاون پارلمانی سپاه پاسداران روز چهارشنبه در واکنش به تحریم‌های تازه وزارت خزانه‌داری آمریکا، از وزارت خارجه خواسته است تا در شرایط فعلی، دقیق‌تر و فعال و هوشمندانه عمل کند و از فرصتی که افشای قتل جمال خاشقچی در کنسول‌گری عربستان در ترکیه برای نشان دادن چهره واقعی عربستان فراهم کرده، به خوبی استفاده کند.
قتل خاشقچی به یک موضوع چالشی برای دولت عربستان تبدیل شده است. گرچه عربستان در ابتدا اعلام کرده بود او از سفارت خارج شده، اما پس از دو هفته اعتراف کرد این روزنامه‌نگار منتقد سعودی در پی یک دعوا در کنسول‌گری عربستان در ترکیه کشته شده است.
حسن روحانی رئیس جمهور نیز با متهم دانستن امریکا در قتل خاشقچی، در جلسه روز چهارشنبه هیات وزیران اعلام کرد اقدام به قتل خاشقچی بدون چراغ سبز امریکا نمی‌توانست روی دهد.
بر اساس برخی گزارش‌ها دو فردی که توسط وزارت خزانه‌داری آمریکا تحریم شده‌اند، عضو سپاه قدس ایران بوده و متهم هستند که با طالبان ارتباط دارند. ایران همواره ارتباط با طالبان و نیز دیگر گروه‌های تروریستی را رد کرده است،.
