در پی تصمیم هیات امنای دانشگاه ازاد اسلامی، فرهاد رهبر از ریاست دانشگاه برکنار و هیئت امنای دانشگاه آزاد اسلامی محمد مهدی طهرانچی، رئیس پیشین دانشگاه بهشتی و از افراد نزدیک به علی اکبر ولایتی را به عنوان سرپرست جدید دانشگاه آزاد انتخاب و معرفی کرد. رهبر تقریبا یک سال است که به ریاست دانشگاه ازاد منصوب شده است. برخی از اخبار حاکی از ان است که علت برکناری رهبر، نارضایتی علی‌اکبر ولایتی از شرایط فعلی دانشگاه ازاد بوده است. گفته می‌شود فرهاد رهبر اقدام مناسبی برای به کارگیری نیروهای جوان و انقلابی انجام نداده است. مقدم فرمعاون فرهنگی سپاه نیز از عدم بکار گیری نیروهای ارزشی و بسیجی در هیتئهای علمی دانشگاه آزاد ابراز ناخرسندی کرده بود.
فرهاد رهبر پیش از این حدودا شش سال ریاست دانشگاه تهران را به عهده داشت. برخی از تحلیل‌گران دوران ریاست رهبر بر دانشکاه تهران را یکی از بدترین دوره‌های دانشگاه می‌دانند و معتقدند که این دوره امنیتی‌ترین دوره دانشگاه بوده که آثار ان تا به امروز باقی است.
در دوران ریاست رهبر بر دانشگاه تهران بیشترین حساسیت‌ها نسیت به حضور افراد غیر دانشگاهی در دانشکده‌های دانشگاه تهران اعمال شد و بدون تایید حرلست هیچ استاد و سخنرانی امکان حضور و سخنرانی در مجموعه دانشگاه را نداشت. موضوعی که تا به امروز نیز همچنان ادامه دارد.
دانشگاه ازاد در پی درگذشت ایت‌الله رفسنجانی که عضو موسس دانشگاه هم بود به ولایتی سپرده شد.
وی بازنگری‌ها و تغییرات عمده ای را در دانشگاه انجام داد و پاکسازی‌های گسترده‌ی وی در در دانشکاه گرچه به بهانه جوان‌گرایی انجام شد، اما در واقع نوعی تسویه حساب تلقی شد و انتقادات زیادی را در پی داشت. بسیاری از استادان پیش‌کسوت دانشگاه با سیاست‌های جدید ولایتی و رهبر از دانشگاه اخراج شدند
