در حالیکه در سالهای گذشته در بحران قره باغ و در گیریهای میان آذربایجان و ارمنستان، جمهوری اسلامی که سعی مینمود که که موضع بیطرفانه ای اتخاذ کند اکنون در بحران کنونی ودرگیرهای خونین روزهای اخیر میان دوکشور مقامات غیر رسمی منتسب به رهبر و سپس مقامات رسمی از موضع آذربایجان در درگیریها حمایت کردند و خواستار خروج ارمنستان از روستاهای قره باغ شدند ودر عین حال از ترکیه خواستند از مداخله علنی در این منازعه خوددداری کند . بدنبال در گیریهای خونین قره باغ ابتدا چند تن از امامان جمعه حمابت از مسلمانان آذر بایجان را مطرح کردند وسپس ایت الله اعرافی رییس حوزه علمیه قم که روابط نزدیکی با رهبر جمهوری اسلامی دارد حمایت از شیعیان آذر بایجان را مطرح کرد انگاه دکتر ولایتی که نماینده و مشاور رهبر جمهوری اسلامی در امور بین المللی است طی سخنانی گفت برای قره باغ ۴ قطعنامه در سازمان ملل تصویب شده است که همه آن‌ها ارامنه‌ای که خاک آذربایجان را اشغال کرده‌اند را ملزم می‌کند تا آنجا را ترک کنند
وی افزود وقتی اخبار این جنگ را دقیق‌تر دنبال میکنیم می‌بینیم، طرف‌های دیگری نیز در این جنگ حضور یافته‌اند مثل ترکیه و رژیم اسراییل که این مسئله، موضوع را پیچیده می‌کند.
وی گفت ما به تمامیت ارضی همه کشورها احترام می‌گزاریم و این یکی از اصول منشور ملل متحد است و ما هم به عنوان یکی از اعضای سازمان ملل به این اصل اصرار داریم، به ویژه آنکه این دو کشور درگیر از همسایگان شمالی ما هستند. در این مورد خاک کشوری به دست کشور دیگری اشغال شده است.بخش‌هایی در جنوب جمهوری آذربایجان، حدود ۷ شهر، توسط ارمنستان اشغال شده است.. پس ما می‌خواهیم که ارمنستان این بخش‌های اشغال شده را به جمهوری آذربایجان بازگرداند. بیش ازیک میلیون آذری در پی اشغال این مناطق آواره شده‌اند و باید به زودی به خاک خود برگردند؛ وی افزود مسئله بعدی آن است که راه‌حل این کار به هیچ وجه نظامی نیست، بلکه باید از طریق سیاسی حل شود؛ لذا ما بر هر اقدام نظامی از طرف هر که باشد مخالفیم؛ چرا که بازنده این جنگ مردم هستند به خصوص این‌که در این اواخر مناطق مسکونی نیز بمباران می‌شود. این جنگ خلاف مصالح مردم دو کشور و خلاف امنیت منطقه است. برخی از خارج نیز جنگ افروزی می‌کنند، مثل اسراییل و ترکیه.
وی گفت ما با هر دو کشور ارمنستان و جمهوری آذربایجان همسایه‌ایم. مصلحت ما اقتضا می‌کند که این همسایگانمان با یکدیگر جنگ نکنند. واجازه نمی‌دهیم که منطقه تحت ناامنی قرار بگیرد و کشورهایی از دیگر نقاط جهان بیایند و امنیت شمال ایران را در قفقاز جنوبی به خطر بیندازند، ما حتماً در مقابل این ناامنی‌ها که ایجاد می‌کنند می‌ایستیم. ما قویاً معتقدیم صلح در جهت تأمین منافع هر دو کشور، از جمله تخلیه مناطق اشغال شده، برقرار شود.
وی گفت ما با ترکیه به عنوان دو کشور همسایه روابط خوبی داریم. امیدواریم و مایلیم ترکیه مشکلاتش حل شود. اما به عنوان دوست به ترکیه توصیه میکنیم به جای آنکه یکی از طرفین یا دو طرف این درگیری را تشویق به جنگ کند، طرف‌ها را به صلح تشویق کند، ولی با اعاده حقوق غصب شده طرفین، به خصوص، آذری‌ها که ضرر کرده‌اند و تعداد زیادی آواره داشته‌اند و شهرهایشان اشغال شده است و باید به آنان بازگردد.وی افزود بدنبال مداخله ترکیه شایعه حضور و اعزام نیروهای تکفیری در منطقه مطرح شده است که ما بشدت با ان مقابله میکنیم . بدنبال این مواضع سخنگوی دولت و سخنگوی وزارت امور خارجه نیز همین مواضع را دنبال کردند . این نشان میدهد که چرخش جمهوری اسلامی در موضوع قره باغ نشاندهنده آن است که رهبر جمهوری اسلامی اکنون قصد دارد از بحران قره باغ بار دیگر رهبری خود در جهان تشیع و اسلام را مطرح سازد .از انجا که ارمنستان همسایه ایران است ودر تحریمها نیز حاضر نشد که با امریکا همراهی کند . این مواضع میتواند در روابط دو کشور مشکل ساز شود .
