در ادامه‌ی چالش‌ها پیرامون گزارش دیوان محاسبات در خصوص ناپدیدشدن چهار میلیارد دلار در بودجه سال 97، ابراهیم رئیسی، رئیس قوه قضاییه با اشاره به اینکه هیچ گزارشی در خصوص اشتباه بودن گزارش ارائه‌شده توسط از دیوان محاسبات به دست قوه‌ی قضائیه نرسیده است، اظهارداشت درستی گزارش تفریغ بودجه توسط دیوان محاسبات مورد تاکید قرار گرفته است. وی که این سخنان را در جلسه شورای عالی قوه قضاییه بیان می‌کرد با تاکید بر اینکه قضات نباید به هیاهوها و حاشیه سازی‌های سیاسی و اظهارات نامناسب این روزها توجه کنند، از انها خواست از مسیرعدل و انصاف خارج نشوند.رئیس قوه‌ی قضائیه همچنین ضمن تاکید بر ضرورت نظارت و شفافیت در انجام حکمرانی خوب با اشاره به اینکه مساله‌ی بیت‌المال در بین است از همه دستگاه‌های اداری خواست که به روشن شدن موضوع کمک کنند. وی پرونده‌های ارزی در دادسرای تهران را غیرمحرمانه خواند و تاکید کرد گزارش‌های مربوط به نتایج این رسیدگی‌ها به اطلاع مردم برسد.در ادامه‌ی اظهارات رئیس قوه‌ی قضائیه، دادستان تهران نیز با اشاره به تخلفات ارزی از تحت تعقیب قرار گرفتن حدود ۲۵ نفر از کارکنان بانک مرکزی تا سطح مدیرکل خبر داد و یادآور شد کارگروهی متشکل از دیوان محاسبات، بانک مرکزی، گمرک، وزارت صمت و ضابطین برای رسیدگی و بررسی گزارش دیوان محاسبات تشکیل شده است. اما دولت همچنان به گزارش معترض است و از عدم توجه قوه‌ی قضائیه به تخلفاتی که در دیگر نهادها رخ می‌دهد و عدم شفافیت بودجه‌ی این نهادها انتقاد دارد. دولت تاکید دارد که بودجه کشور در فقط در حوزه‌ی ارزی مصرف نمی‌شود تمامی نهادهای نظامی، انقلابی و فرهنگی نیز از این بودجه استفاده می‌کنند. دولت از همان ابتدای ارائه‌ی گزارش توسط دیوان محاسبات و ورود قوه‌ی قضائیه به این موضوع تاکید کرد که شفافیت و نظارت باید بر تمامی دستگاه‌های بودجه‌گیر اعمال شود و تنها بودجه‌ی یک نهاد مورد توجه و بررسی قرار نگیرد.
بودجه‌ی نهادهای فرهنگی، دینی و پژوهشی و نظامی که نظارت آنها در اختیار دولت نیست اما از دولت بودجه دریافت می کنند چند سال است که مورد انتقاد گسترده قرار دارد و با وجود اعتراض‌های متعدد در این خصوص، نه تنها این نهادها هیچگاه مورد نظارت قرار نگرفته‌اند و نحوه‌ی هزینه‌کرد بودجه‌های هگنفت آنها شفاف نیست، بلکه هرساله بودجه این نهادها بدون آنکه عملکرد روشنی داشته باشند افزایش یافته است.
حسن روحانی تاکنون بارها به وجود این نهادها و بودجه‌ی آنها که تحت هیچ نظارتی قرار ندارد اعتراض کرده است و در جلسات عمومی و سخنرانی‌های عمومی ب ضرروت پاسخ‌گویی این نهادها در خصوص نحوه‌ی هزینه‌کرد بودجه‌ی آنها تاکید کرده است.
بودجه‌ی صدا و سیما با مبلغی بسیار بالاتر از تمامی نهادهایی که از دولت بودجه دریافت می‌کنند، اما نظارتی بر آن وجود ندارد، درهمان حال جزو زیان‌ده‌ترین نهادهای فرهنگی هم هست. بودجه صدا و سیما در سال ۱۳۹۹ بیش از ۱۷۰۰ میلیارد تومان تعیین شده است، آن هم در حالی که این نهاد امکانات متعددی برای درامدزایی و کسب سود نیز در اختیار دارد.
با این وصف دیوان محاسبات تاکنون گزارشی برای نحوه‌ی هزینه‌کرد این بودجه‌ی هنگفت و بررسی تخلفات احتمالی در این خصوص انجام نداده است. آن هم در حالی که یکی از وعده‌های انتخاباتی رئیس جمهور در انتخابات سال ۱۳۹۶، تلاش دولت برای افزایش شفافیت در سازمان صدا و سیما بود. با این وصف نه تنها هیچ تلاشی برای شفافیت بودجه‌ای در صدا و سیما صورت نپذیرفته بلکه خود رایی صدا و سیما در سال‌های اخیر بیش از پیش افزایش یافته است. در همان حال عادل آذر رییس دیوان محاسبات که گزارش تخلف در بودجه‌ی ارزی را اعلام کرده است، پیش از این اظهار داشت بود که سازمان صدا و سیما یکی از پاک‌ترین دستگاه‌های کشور است.
بسیاری از تحلیل‌گران تاکید دارند یکی از دلایل بالابودن بودجه‌ی صدا و سیما و در همان حال زیان‌ده بودن این سازمان، تعداد بسیار بالای کارکنان این سازمان است که موجب می‌شود تا بودجه‌ی کلان این سازمان تنها تکافوی پرداخت حقوق و مزایای کارکنان این سازمان را می‌کند و سازمان برای انجام فعالیت‌های اصلی خود با محدودیت بودجه‌ای روبروست.
علاوه بر صدا و سیما بودجه‌ی نهادهایی مثل سازمان تبلیغات، قوه قضائیه، مجلس، شورای نگهبان، مجمع تشخیص مصلحت نظام، حوزه‌های علمیه، بنیاد مستضعفان، کمیته امداد، ستاد اجرایی فرمان امام و … از جمله دیگر نهادهایی است که عدم شفافیت بودجه‌ای در آنها همواره مورد اعتراض بوده است.
این عدم شفافیت بودجه‌ای در این نهادها در حالی وجود دارد که علاوه بر اینکه این نهادها دارای بودجه‌ی شفاف نیستند، بابت بودجه‌ای که دریافت می‌کنند مالیاتی هم پرداخت نمی‌کنند و بسیاری از آنها یا از مالیات معاف هستند یا مالیات بسیار ناچیزی می‌پردازند که در مقابل بودجه‌ی دریافتی میزان بسیار ناچیز وکم‌اهمیتی است.
عدم مالیات دهی توسط این نهادها در حالی صورت می‌گیرد که علاوه بر آنکه بسیاری از اقشار سطح پایین جامعه من‌جمله کارمندان موظف به پرداخت مالیات هستند، به تازگی زمزمه‌هایی هم شنیده شده که قرار است دولت از مبلغ ناچیز سپرده‌گذاری و پس‌انداز مردم نیز مالیات دریافت کند.
