در حالی که وزارت بهداشت و دولت تمام تلاش خود را بر کنترل بیماری و همچنین کاهش تعداد مبتلایان و قطع زنجیره‌ی شیوع در کشور قرار داده‌اند، آیت الله علی خامنه‌ای رهبر جمهوری اسلامی ایران روز پنج‌شنبه طی حکمی سرلشکر باقری رییس ستاد کل نیروهای مسلح را مامور کرد که در زمینه مقابله با کرونا فرماندهی عملیات را به عهده بگیرد. خامنه‌ای در این نامه ضمن تقدیر از خدمات نیروهای مسلّح به مردم در زمینه مقابله با ویروس کرونا، بر لزوم سازماندهی این خدمات در قالب یک قرارگاه بهداشتی و درمانی با هدف پیشگیری از شیوع بیشتر این بیماری تأکید کرد. وی در این نامه همچنین اظهار داشته است قرائنی بر این است که کرونا در ایران یک تله‌ی بیولوژیک است.وی افزود با توجه به این قرائن، اقدام تیروهای مسلح در کنترل بیماری، جنبه‌ی رزمایش دفاع بیولوژیک نیز دارد و بر اقتدار و توان ملّی خواهد افزود.در همین‌حال تجهیزات نیروی انتظامی و سپاه در خیابان‌ها مستقر شده و با تجهیزات گسترده اقدام‌به ضدعفونی کردن معابر و مراکز عمومی می‌کنند. این در حالی است که حضور نیروهای مسلح و نطامی در دیگر کشورها نه برای مداخله در اقدامات کنترلی و پیشگیری، بلکه برای کمک به حوزه‌ی مدیتی برای کنترل عبور و مرور مردم برنامه‌ریزی می‌شود. در عین حال بر خلاف اظهارات خامنه‌ای تا کنون نیز نیروهای مسلح اقدامی برای کنترل بیماری و جلوگیری از شیوع انجام نداده و بار کنترل بیماری عمدتا بر عهده‌ی وزارت بهداشت و نه طلاب و روحانیون بوده است. اقدام خامنه‌ای انتقادات زیادی را به دنبال داشته است. وی گرچه در این نامه تاکید کرده است اقدامات نیروهای مسلح در هماهنگی کامل با دولت و وزارت بهداشت باشد، اما نفس صدور حکم فرماندهی عملیات توسط خامنه‌ای، تقابل با دولت در زمینه‌ی کنترل شیوع کروناست که فرماندهی ان را به عهده‌ی وزارت بهداشت قرار داده است از سوی دیگر تلقی این موضوع به عنوان حمله بیولوژیک فراراز کاهش انتقاداتی است که به سپاه و رهبر در عدم منع پرواز ماهان ایربه چین و عدم قرنطینه قم صورت گرفته است . در عین حال خامنه‌ای در این نامه به نیروهای مسلح دستور داده است علاوه بر درمان و ایجاد مراکز درمانی مانند بیمارستان صحرایی و نقاهتگاه و غیره، به پیشگیری از شیوع بیشتر بیماری با شیوه‌های لازم نیز بپردازد. این درخواست در حالی است که وزارت بهداشت از امکانات کافی برای درمان برخوردار تیست و بودجه‌ی نحیف دولت نیز امکان پرخرجی در این حوزه را محدود کرده است. با این وجود خامنه‌ای به جای دستور به نهادهای تحت حاکمیت خود برای کمک اقتصادی به دولت برای پیشبرد اقدامات ترجیح داده است با فرماندهی خود وی امکانات اقتصادی و مالی برای مقابله با کرونا برنامه‌ریزی و اجرا شود.
