در حالی که ابهام‌ها و تناقض‌گویی‌ها در خصوص سقوط هواپیمای مسافربری همچنان ادامه دارد، چالش‌ها و واکنش پیرامون انتشار فایل صوتی سقوط هواپیمای اوکراینی نیز بر ابهام موضوع افزوده است. سازمان هواپیمایی کشوری در واکنش به انتشار فایل صوتی، با انتشار بیانیه‌ای و با اشاره به اینکه هيچ مرجع ذيربطى، اطلاعى از عمليات موشكى قبل از سانحه به سازمان هواپيمايى كشورى اعلام نكرده بود، ادعا کرده است انچه خلبان هواپیمای آسمان دیده است، شعله ور شدن هواپیمای اکراینی بوده نه موشک.در این بیانیه همچنین تاکید شده است مراجع ذی‌ربط در حوزه پدافند هوایی قبل از حادثه اطلاع یا اخطاری در مورد اقدامات موشکی در فضای کنترل ترافیک تهران به سازمان هواپیمایی کشوری اعلام نکرده بودند.
در عین حال سازمان هواپیمایی کشوری در این بیانیه تاکید کرده است سازمان هواپیمایی کشوری از همان ابتدای وقوع سانحه، بر اساس رویه‌های حرفه‌ای و قوانین بین‌المللی به صورت کاملاً شفاف فرایند بررسی ابعاد حادثه را دنبال کرده است.سازمان هواپیمایی کشوری همچنین اعلام کرده است این سازمان بر اساس اطلاعات دریافتی از مراجع نظامی نظر خود را در خصوص عدم اصابت موشک اعلام کرده بود و در تایید یا رد صحت آن نقشی نداشته است. در این بیانیه با اشاره اینکه فایل صوتی منتشرشده طبقه بندی شده بوده و نباید منتشر می‌شده، تاکید شده است انتشار فایل صوتی توسط رسانه اکراینی خلاف رویه‌های بین‌المللی بوده است.
در همان حال بهرام پارسایی سخنگوی کمیسیون اصل نود مجلس نیز در اعتراض به تناقض‌گویی‌های مربوط به سقوط هواپیما خواستار ورود مدعی‌العموم و شورای عالی امنیت ملی در این خصوص شده است.
وی در اعتراض به تناقض‌گویی‌ها با اشاره به اینکه انتشار صدای ضبط شده خلبان هواپیمای آسمان نشان میدهد سازمان هواپیمایی از دلایل وقوع حادثه خبر داشته و ابهامی در این موضوع وجود ندارد، تاکید کرده است اظهارات خلاف واقع مقام‌های هواپیمایی به اعتبار ایران به عنوان یکی از اعضای ایکائو صدمه زده است.وی همجنین افزود این امر بمنزله اطلاع دولت روحانی از نحوه سقوط هواپیما در همان آغاز کار بوده است . در عین برخی رسانه‌ها به نقل از منابع آگاه در وزارت امور خارجه عنوان کرده‌اند وزیر امور خارجه در نخستین ساعات وقوع حادثه از اصابت موشک مطلع بوده و در این رابطه به مردم دروغ گفته است.
در واکنش به این اظهارات، سید عباس موسوی سخنگوی وزارت امور خارجه با رد این موضوع که محمدجواد ظریف وزیر امور خارجه از علت سقوط هواپیما مطلع بوده،تاکید کرده است وزیر امور خارجه هم حدود ساعت ۱۴ روز جمعه از علت اصلی سقوط، یعنی اصابت موشک پدافندی به هواپیمای مذکور مطلع شده است.
صرف‌نظر از فضای سیاسی معترض و بی‌اعتمادی گسترده‌ای که در کشور وجود دارد به نظر میرسد اظهارات موسوی در خصوص بی‌اطلاعی وزارت امور خارجه می تواند قرین به واقعیت باشد.نحوه مواجهه برخی تحلیل‌گران با فضای سیاسی کشور به گونه‌ای است که گویی هیات دولت، یک گروه خانوادگی است که به محض وقوع رخداد یکی از اعضا آن را در گروه اعلام میکند و بقیه هم مطلع میشوند.. بی‌اطلاعی وزیر امور خارجه از دلایل سقوط هواپیما، آن هم‌در شرایطی که به وضوح اشکار است سپاه به عنوان کنشگر اصلی این رخداد تلاش سازمان‌یافته‌ای برای پنهان نگه داشتن موضوع انجام داده است، اتفاق عجیبی نیست.
در عین حال متن مکالمات تلفنی خلبان هواپیمایی آسمان و برج مراقبت نشان میدهد که خلبان به شلیک موشک اشاره میکند . ومشخص نیست مسئول برج مراقبت چگونه این مکالمه را به مقامات بالاتر گزار ش کرده و همچنین شخص حسن روحانی به عنوان رییس شورای عالی امنیت ملی چگونه از این موضوع خبردار نشده است .بنظر میرسد بیانیه سازمان هواپیمایی کشوری دروغی جدید بر ای توجیه دروغهای گذشته بود . این امر که روحانی از این موضوع خبر دار نبوده بر فرض این موضوع خواهد بود که سازمان خدمات هووپیمای کشوری که رییس آن را دولت تعیین میکند گویی نهادی است که تحت امر سپاه پاسداران میباشد .
علاوه بر این برخی تحلیل‌گران خاطرنشان می‌کنند این اتهامات و شایعات ممکن است به شکل سازمان‌یافته و با هدف به حاشیه بردن سلسله مراتب اصلی اطلاع‌رسانی درباره موضوع شلیک به هواپیما صورت می‌گیرد و هدف اصلی در واقع آن است که اطلاع‌رسانی سلسله مراتبی در سپاه و نیز اینکه چه کسی دستور داده است که پروازها ادامه یابد پرده‌پوشی و اختفا شود.
