در حالی که تلاش‌های مجلس و برخی از نمایندگان برای استیضاح وزیر کشور، که بی‌کفایتی او در مدیریت بحران‌های کشور به دفعات روشن شده است، ادامه دارد، مطهری اعلام کرده است که هیات رئيسه دلیل عدم اعلام وصول نامه‌ی استیضاح را مخالفت رهبری با استیضاح قبل از برگزاری انتخابات مجلس عنوان کرده است.
به نظر می‌رسد که با در پیش بودن انتخابات مجلس، آیت‌الله خامنه‌ای تمایلی ندارد که فردی که مورد اعتماد او نیست، سکان‌‌دار یا سرپرست این وزارت‌خانه‌ی مهم کشور باشد که در سال‌های اخیر نقش مهمی در سرکوب خواسته‌ی عموم مردم داشته و همواره هم مورد تشویق و تایید حاکمیت قرار گرفته است. هیات رئيسه مجلس به تعویق افتادن استیضاح وزیر کشور تا بعد از انتخابات به دستور رهبری را تکذیب کرده و گفته است دلیل عدم اعلام وصول، ناکافی بودن امضاهای استیضاح بوده است. اما در همان حال، علی مطهری تعداد امضاها را بیست امضا اعلام کرده است.
این اولین بار نیست که آیت‌الله خامنه‌ای به صراحت با تصمیمات مجلس مخالفت می‌کند،.او در بزنگاه‌های سیاسی و اجتماعی بارها تاکنون با تصمیمات مجلس مخالفت کرده و تصمیمات نمایندگان را وتو کرده است و بارها با اشاره به اینکه زمان مناسبی برای اقدام مجلس نیست، تصمیمات نمایندگان را وتو کرده است. گفته می شود که وزیر کشور در روزهای اخیر نشان مدیریت جهادی نیز دریافت کرده است که نشان‌‌دهنده‌ی حمایت یکپارچه‌ی نظام از فعالیت‌های او در مواجهه با مردم است. برخی از اخبار منتشرشده حاکی از این است که وزیر کشور که جانشین فرماندهی نیروی انتظامی است در جریان اعتراضات آبانماه فعالانه به مقابله با اعتراضات پرداخته و در بخش نیروی انتظامی خود دستور مقابله را داده است هر چند که در مورد سپاه پاسداران این کار با دستور رهبر انجام شده است . تشخیص چگونگی فعالیت نظامی در داخل و خارج از کشوراز سوی سپاه پاسداران با دستور صریح و تحت فرماندهی او انجام می‌شود. گرچه آیت‌الله خمینی فرماندهی کل قوا ابتدا به بنی صدر و سپس به هاشمی رفسنجانی واگذار کرده بود اما خامنه‌ای با وجود کهولت سن که میتواند به تصمیمات نادرستی در حوزه نظامی منجر شود، همچنان مسئولیت فرماندهی کل قوا را برای خود حفظ کرده و ترجیح می‌دهد که دستورات نظامی را به طور مستقیم خودش صادر کند. با این تحلیل، وزیر کشور مجری دستورات مستقیم رهبر است و حمایت مستقیم رهبر از وزیر کشور در واقع حمایت او از دستورات صادرشده توسط خود وی است.
