وزیر اطلاعات روز سه‌شنبه در دیدار با اعضای کمیسیون امنیت ملی مجلس و در پاسخ به سوال محمود صادقی نماینده مجلس که وزیر اطلاعات برای پاسخگویی به سوال او در کمیسیون حاضر شده است، با اشاره به اینکه پرونده‌ی مازیار ابراهیمی و دیگر متهمان پرونده‌ی هسته‌ای مربوط به زمان وی نیست، گفت وی از زمان به عهده گرفتن مسئولیت وزارت در وزارت اطلاعات جمهوری اسلامی توسط وی، از طریق آموزش و بازرسی و نظارت دقیق‌تر، رویه‌ها اصلاح شده و با برخی از ماموران خاطی برخورد شده است.بنا به گفته محمود صادقی که سوال‌کننده‌ی اصلی از وزیر اطلاعات درباره چگونگی اعتراف‌گیری از متهمان هسته‌ای و همچنین اعمال خشونت نسبت به آنهاست، وزیر اطلاعات در پاسخ به اینکه آیا اعترافات متهمان ترورهای هسته‌ای در اثر شکنجه بوده است، پاسخ روشنی نداده است. محمود علوی وزیر اطلاعات در خصوص بیگناهی این متهمان و نحوه مواجهه وزارت اطلاعات با این افراد پس از احراز بیگناهی آنها، گفته است بیگناهی متهمان ترور دانشمندان هسته‌ای محرز شده و این افراد که ۵۳ نفر بوده‌اند پس از احراز بیگناهی از زندان آزاد شده و به عنوان خسارت ۴ میلیارد تومان به آنها پرداخت شده است. موضوع احراز بیگناهی و همچنین دلجویی و پرداخت خسارت به متهمان ترور دانشمندان هسته‌ای، در حالی عنوان می‌شود که مازیار ابراهیمی پیش از این در تلویزیون جمهوری اسلامی حضور پیدا کرده بود به ارتباط با اسرائيل، دوره دیدن در اسرائيل و ترور دانشمندان هسته‌ای اعتراف کرده بود. وی حتی گفته بود با شکنجه از او خواسته بودند به حضور فرزندان هاشمی در اسرائیل نیز اعتراف کند.بنا به اظهارات محمود صادقی، وزیر اطلاعات گفته است تنها متهم این پرونده مجید جمالی فشی بوده که ارتکاب ترور توسط او محرز شده است. با این وصف، تحلیل‌گران تردید دارند که او هم متهم اصلی در اعدام مسعود علی محمدی بوده باشد .بعلاوه وزیر اطلاعات گفته است به مازیار ابراهیمی ۱۳۰ میلیون تومان به عنوان خسارت پرداخت شده است. صرفنظر از اینکه بنا به گفته مازیار ابراهیمی در زمان زندانی بودن، حدود ۵۰ هزار دلار از خانواده وی گرفته شده تا به انها درباره‌ی مکان سکونت وی اطلاعاتی بدهند، اما ابراهیمی گفته است وزارت اطلاعات نه ۱۳۰ میلیون تومان بلکه ۲۵۰ میلیون تومان و به اجبار و با تهدید پرداخت کرده است و بنا به گفته ابراهیمی بی‌اطلاعی وزیر اطلاعات از میزان پرداخت شده نشان می‌دهد وی درباره بقیه بخش‌های پرونده نیز اطلاعات درستی ندارد. صادقی اظهارات وزیر اطلاعات در خصوص جبران کامل خسارت‌های مادی، روحی و حیثیتی از این افراد را قانع‌کننده ندانسته و با اشاره به خسارت‌های ناشی از عدم اجرای قراردادهایی که ابراهیمی با صدا و سیما داشته، گفته است توضیحات وزیر اطلاعات با وجود این خسارت‌ها قانع‌کننده نبوده است. ابراهیمی نیز ادعاهای وزیر اطلاعات را رد کرده و گفته است نه تنها آسیب‌ها و آثار ناشی از شکنجه و شکستگی همچنان در بدن او وجود دارد، بلکه وی علاوه بر آن تصاویر و مستنداتی را نیز در اختیار دارد.
در عین حال وزیر اطلاعات در حالی ادعا کرده است جمهوری اسلامی برای جبران خسارت ۴ میلیارد تومان به متهمان پرداخت کرده است، که بنا به گفته‌ی وزیر اطلاعات ۵۳ نفر شرایط مازیار ابراهیمی را داشته‌اند و وزارت اطلاعات این ۴ میلیارد را به آنها بابت خسارت پرداخت کرده است. صرفنظر از اینکه پرداخت خسارت چقدر می‌تواند جبران‌کننده‌ی خسارت‌ها و مشکلاتی باشد که به این افراد وارد شده، حتی بر فرض درستی اظهارات وزیر اطلاعات، به طور متوسط به هریک از این افراد آسیب دیده، مبلغی در حدود ۷۵ میلیون تومان پرداخت شده است که حتی از نظر مقدار و ارزش ریالی نیز قابل قیاس با خسارتی که به این افراد وارد شده، نیست. علاوه بر این احمدرضا جلالی یکی دیگر از متهمان پرونده‌ی ترور دانشمندان هسته‌ای همچنان در زندان در انتظار اجرای حکم اعدام به سر می‌برد و با وجود اضطراری بودن وضعیت، همچنان در زندان است و نهادهای نظارتی هم بررسی دقیقی درباره بیگناهی او انجام نمی‌دهند. احمدرضا جلالی متهم است که با دعوت از دانشمندان هسته‌ای برای شرکت در یک کنفرانس در سوئد و انتشار علنی اسامی آنها در سایت کنفرانس، اسامی دانشمندان هسته‌ای را لو داده و موجبات ترور آنها را فراهم کرده است. بنا به اظهارات خانواده احمدرضا جلالی وی تحت فشار برای اعتراف به این اقدام عمدی و آموزش در اسرائیل است، اما وی تا کنون از عتراف علنی در این خصوص خودداری کرده است
لازم به ذکر است در حال حاضر متهمان محیط زیستی هم به جرم جاسویی برای اسرائيل، در زندان هستند و اطلاعات سپاه به آنها اتهام جاسوسی زده و برخی در دادگاه به عنوان متهم افساد فی‌الارض به اعدام محکوم شده‌اند.ین در حالیست که وزارت اطلاعات انها را بیگناه میشمرد . اقدامات گذشته همچنان این نگرانی را تشدید می‌کند که این متهمان نیز با فشار و شکنجه به اقداماتی اعتراف کنند که انجام نداده‌اند و مجازات‌هایی فراتر از جرمی که انجام نداده‌اند دریافت کنند.
