علی مطهری نماینده تهران در انتقاد از بازداشت اشتباه مازیار ابراهیمی و اقدام جمهوری اسلامی در گرفتن اعتراف اجباری از او، تاکید کرد حکومت و دولت باید پاسخگوی ابهامات ایجادشده باشند. وی با انتقاد از اینکه مسئولان امنیتی و اطلاعاتی کشور بعد از وقوع ترور برای اینکه به سرعت جوابی به مردم بدهند و مسئولیت را از سر خود بازکنند، افرادی را بازداشت کرده‌اند و بعد هم از آنان تحت فشار، درباره ترور دانشمندان هسته‌ای ایران اعتراف گرفته‌اند، متناسب با اخلاق و روش‌های اسلامی جمهوری اسلامی نیست.وی با بیان این موضوع که ممکن است دستگاه‌های اطلاعاتی دنیا این اقدامات انجام دهند و توجیهاتی نیز برای خود داشته باشند، گفت جمهوری اسلامی به عنوان حکومتی اسلامی مجاز به این قبیل اقدامات نیست و نمی‌تواند به بهانه حفظ نظام و نشان دادن اقتدار آن به چنین اقداماتی دست بزند. وی افزود در خصوص این اقدامات اسلام دست حاکمیت را بسته است. اظهارات علی مطهری در این خصوص در حالی عنوان می شود که اتفاقا بر خلاف اظهارات و ادعای علی مطهری، جمهوری اسلامی با استناد به تعالیم اسلامی دست به این اقدامات می‌زند و توجیه افرادی که این اقدامات را انجام میدهند این است که برای حفظ اسلام هر اقدامی از جمله اعتراف‌گرفتن اجباری از افراد مجازی و آنچه علی مطهری عنوان می‌کند، در واقع روایت آزادی‌خواهانه‌ی خود او از اسلام است، نه آنچه که در جمهوری اسلامی اجرا می‌شود.مطهری همچنین با اشاره به اینکه در انفجار در حرم امام رضا در سال 73 نیز ابهاماتی مطرح است از مسئولین اطلاعاتی خواست در این باره روشنگری کنند. وی همچنین اقدام به قتل داریوش فروهر، قتل‌های زنجیره‌ای و ماجرای اتوبوس نویسندگان در سفر به ارمنستان در سال 75 را نیز از همین دست موارد عنوان و تاکید کرد جمهوری اسلامی باید دربارها این ابهامات به مردم پاسخ دهد و ابهامات در این باره را مرتفع کند. وی همچنین با انتقاد از کسانی که این اقدامات را به بهانه حفظ نظام انجام میدهند، با اشاره به اینکه چه نیازی به این اقدامات وجود دارد گفت واقعا اگر قتل‌های زنجیره‌ای رخ نمی‌داد جمهوری اسلامی از بین می‌رفت. این در حالی است که حتی برخی از منتقدین اعتقاد دارند که بخش مهمی از بی‌اعتمادی به نظام در اثر همین اقدامات صورت گرفته و این اقدامات و سرکوب‌ها نه تنها موجب حفظ نظام نشده، بلکه به شکل ریشه‌داری به اعتماد به نظام دامن زده است. علی مطهری در ادامه با ابراز خشنودی از این موضوع که جمهوری اسلامی وارد عمل شده است و اجازه نداده است افراد بیگناه اعدام شوند از جمهوری اسلامی به خاطر این اقدام تشکر کرد .اظهارات علی مطهری در تشکر از جمهوری اسلامی به خاطر این اقدام در حالی انجام می‌شود که چنین اقدامی توسط خود جمهوری اسلامی صورت گرفته است و مشخص نیست که وقتی خود جمهوری اسلامی مازیار ابراهیمی را زندانی کرده، او را شکنجه کرده و از او اعتراف اجباری گرفته جظور می‌توان از همان جمهوری اسلامی برای توقف این اقدامات تشکر کرد.
چند روز قبل محمدجواد ظریف وزیر امور خارجه ایران نیز در دیدار با ایرانی‌های مقیم سوئد و در واکنش به اعتراض به حکم اعدام احمدرضا جلالی که برای اجرای حکم اعدام به جرم جاسوسی برای اسرائیل در زمینه هسته‌ای در زندان جمهوری اسلامی به سر می‌برد، گفته بود تهران تمام تلاش خود را خواهد کرد تا اعدام دکتر جلالی به تعویق بیفتد. به نظر می‌رسد مقام‌های جمهوری اسلامی رسما به دوگانگی بین دولت و حاکمیت و همچنین دوگانگی بین جمهوری اسلامی و گروهی در داخل نظام که اقدام به این عملیات می‌کنند اذعان می‌کنند.
