برگزاری دادگاه‌های نجفی نه تنها از ابهام‌های اتهامات نجفی کم نکرد، بلکه ابهامات بیشتری به پرونده اضافه کرده است. دادگاه دوم نجفی در حالی برگزار شد که وی در دادگاه دوم نه تنها اتهام قتل عمد میترا استاد را رد کرد بلکه اظهارات دادستان را که به استناد نامه نجفی در دادخواست اعلام کرده بود میترا استاد را به خاطر مهدورالدم بودن به قتل رسانده رد کرد و گفت چنین اظهاراتی را بیان نکرده است. در همین حال بنا به اظهارات وکیل نجفی، شواهد موجود در صحنه قتل، با آنچه که در داخواست آمده اختلاف‌های فاحشی دارد. وکیل نجفی در دفاع از متهم اظهار داشت که در محل قتل آثار شلیک ۹ گلوله وجود دارد در حالی که از اسلحه نجفی تنها ۵ گلوله شلیک شده است، ضمن اینکه بر اساس دادخواست دادستان، گلوله‌ای که میترا استاد با آن به قتل رسیده است با اسلحه نجفی متفاوت است. همچنین دکمه هایی که در وان حمام پیدا شده است در حالی که نجفی در هنگام در گیری تی شرت به تن داشته است .در عین حال نجفی فقدان مجوز سلاح ر ا نیز که از روز اول قتل تاکید زیادی بر آن شده بود و بارها تاکید شده بود که این اسلحه از سال ۹۴ تمدید نشده است، تکذیب کرد و اظهار داشت که اسلحه او دارای مجوز بوده است. به علاوه وکیل نجفی بر وجود چندین دکمه در محل قتل تاکید کرده بود در حالی که طبق اعترافات نجفی، وی هنگام ارتکاب قتل تی‌شرت بر تن داشته است. در رابطه با محل وقوع قتل، و محل پیدا شدن جسد و نحوه خروج نجفی از ساختمان و زمان نگارش نامه نیز تناقض‌های جدی وجود دارد که هیچ کدام مورد پرسش قاضی دادگاه قرار نگرفت و وی تنها بر اعتراف نجفی دال بر ارتکاب وی به قتل تاکید دارد. این در حالی است که بر اساس تمامی اظهارات کارشناسان قضایی، اعتراف برای اثبات جرم کافی نیست و وظیفه‌ی قاضی کشف جرم و مجرم است. بر اساس اظهارات دختر نجفی و آنچه که در دادخواست علیه نجفی آمده است، راننده و دختر نجفی جسد را در وان حمام پیدا کرده‌اند، این در حالی است که نجفی تاکید دارد که وی در هنگام شلیک تیر با میترا استاد درگیر شده و و وی بیرون از وان حمام بوده و چون میترا استاد دست او را گرفته وی به سهو ۵ تیر شلیک کرده است. اینکه نجفی توانسته باشد پس از قتل میترا نجفی وی را به وان منتقل کند و سر وروی خود را هم به سرعت تمیز کند و بعد در را برای راننده باز کند و کیف حاوی مدارک مهم را به راننده اش بدهد تا به خانه دخترش ببرد و در این فاصله کوتاه ۳۸ دقیقه‌ای ۶ صفحه اعترافیات دقیق هم بنویسد،موضوعی است که مورد پرسش قاضی پرونده قرار نگرفت.
قاضی پرونده حتی در مورد این موضوع که چرا متهم پس از شلیک تیر اول که به گفته خود وی ناخواسته بوده، به جای شلیک ۴ تیر بعدی، هفت‌تیر را رها نکرده و به جای آن به شلیک ادامه داده است نیز سوالی از متهم نپرسید.
این ابهامات به غیر از اظهارات ضدو نقیضی است که حتی درباره زمان و نحوه حضور فرزند میترا استاد در محل حادثه عنوان می‌شود و بارها در این بارها اظهارات متفاوتی بیان شده است. به نظر می‌رسد که نه قاضی پرونده و نه وکلای میترا استاد هیچکدام تمایلی به بازشدن ابعاد پرونده و رفع ابهام از پرونده ندارند و تنها مایل هستند که مجازات در کوتاه‌ترین زمان ممکن انجام و پرونده مختومه شود.
