استعفای محمد بطحایی وزیر آموزش و پرورش در روز تعطیل، یکی از چالش‌های جدید دولت روحانی یا شاید بتوان گفت اخرین چالشی است که خود او برای دولتش ایجاد کرده است. با وجود تایید و تکذیب استعفای وزیر آموزش و پرورش به صورت متناوب، در نهایت با اعلام پذیرش استعفا از طرف آقای روحانی در ساعات پایان روز پنج‌شنبه ۱۵ خرداد، خروج وزیر آموزش و پرورش از دولت دوازدهم مورد تایید قرار گرفت. این استعفا در حالی صورت گرفت که علاوه بر آنکه مطالبات فرهنگیان یکی از چالش‌های جدی دولت روحانی در ماه‌های اخیر بوده است، به علاوه موضوع اختلاس در بانک سرمایه و سواستفاده ازصندوق ذخیره فرهنگیان یکی از چالش‌های جدی اقتصادی فرهنگیان در ماه‌های اخیر در دولت روحانی بوده است. ضمن اینکه اعتراض‌های اخیر فرهنگیان، دستگیری تعدادی از فرهنگیان معترض به وضعیت معیشتی خود، درخواست‌های اضافه حقوق فرهنگیان و مشکلات معیشتی فرهنگیان از جمله دیگر چالش‌هایی است که فرهنگیان با آن مواجه هستند و وزیر آموزش و پرورش برای تامین آن با چالش جدی از طرف وزارتخانه خود مواجه است. به نظر می‌رسد تلاش بطحایی برای تامین اعتبارات برای برآورده کردن مطالبات فرهنگیان و نیز رفع مشکلات وزارتخانه، و عدم موافقت رئیس جمهور با این درخواست‌ها از جمله دلایل چالش بین وزیر آموزش و پرورش بوده که بنا به گفته برخی، به علت این اختلاف آقای روحانی به وزیر آموزش و پرورش دستور داده تا از وزارت اموزش و پرورش کناره‌گیری کند.
گرچه در نامه استعفا و بر اساس شایعاتی که در خصوص کناره‌گیری آقای بطحایی از وزارت آموزش و پرورش عنوان شده، تاکید شده است که وی برای شرکت در انتخابات مجلس در آخرین روز مجاز استعفا از سمت‌های دولتی از وزارت آموزش و پرورش استعفا داده است، اما تحلیل‌گران اقدام به استعفا را نه به دلیل تمایل وزیر به شرکت در انتخابات مجلس، بلکه به دلیل درخواست رئیس جمهور از وی برای استعفا عنوان کرده‌اند. به ویژه آنکه وزیر در ساعاتی قبل از انتشار اخبا استعفادر صفحه شخصی خود در اینستاگرام و توئیتر از برگزاری جلسات موفق با همکاران در سازمان امور اداری و استخدامی و رسیدگی به مشکلات حقوقی معلمان خبر داده بود. برخی از تحلیل‌گران گفته‌اند چه استعفا از جانب شخص روحانی بوده باشد و چه استعفا از طرف وزیر مطرح شده و مورد پذیرش روحانی فرار گرفته باشد، با خروج بطحایی از دولت، کابینه روحانی با چالشی جدی در زمینه حدنصاب مواجه خواهد شد.
با احتساب استعفای محمد بطحایی وزیر آموزش و پرورش، تاکنون ۸ وزیر از طریق استعفا یا استیضاح تغییر کرده‌اند و با توجه به اینکه دولت روحانی ۱۸ وزارتخانه دارد، در صورتی که دو وزیر دیگر در دولت او با استعفا، استیضاح یا برکناری مواجه شوند، دولت روحانی از حدنصاب خارج خواهد شد و برای فعالیت مجدد ناگزیر از کسب مجدد رای اعتماد از مجلس خواهد شد.
