در ادامه‌ی درگیری‌های لفظی و اختلاف‌نظرهای ایجادشده بین رئیس جمهور و برخی از اعضای شورای انقلاب فرهنگی، و اقدام رئیس جمهور در خصوص ترک شورا در واکنش به تنش‌های لفظی و نیز اتهامات برخی از اعضای شورای به رئيس جمهور، که به توقف برگزاری جلسات شورای انقلاب فرهنگی منجر شده است، مهدی گلشنی، یکی از اعضای حقیقی شورای عالی انقلاب فرهنگی گفته است آیت‌الله خامنه‌ای گفته است در صورت عدم حضور رئیس جمهور، جلسات شورا با یکی از نایب رئیس‌های شورا، که دو رئیس دیگر قوای کشور هستند، برگزار شود، اما این اقدام صورت نپذیرفته است.
برخی از اعضای شورا تاکید کرده‌اند رئیس جمهور اعلام کرده که به علت حضور برخی از افراد در شورا، جلسات شورا را تشکیل نمی‌دهد، اما در عین حال این افراد شورا را بی‌صاحب خوانده و تاکید کرده‌اند با وجود تاکید آیت‌الله خامنه‌ای بر تشکیل جلسات در صورتی که رئیس جمهور مایل به تشکیل جلسه نباشد، جلسات برگزار نشده است.
برخی از رسانه‌ها با استناد به پیش‌بینی قانونی شورا در خصوص برگزاری جلسات توسط نواب شورا، در صورت عدم حضور رئیس جمهور، در تلاش هستند تا به برگزاری جلسات شورا و تصویب قوانین بدون حضور رئیس جمهور وجه عادی قانون‌گذاری اطلاق کنند و به جلسات بدون حضور رئیس جمهور نیز مشروعیت بدهند.
مهدی گلشنی با اشاره به اینکه رئیس جمهور به علت عدم موافقت با اعضای شورا، جلسات را برگزار نمی‌کند و ریاست قانونی جلسات را نیز واگذار نمی‌کند، اظهار داشت عدم تشکیل جلسات شورای انقلاب فرهنگی به این علت است که رئیس جمهور شورا را مطابق میل خود نمی‌بیند.
وی همچنین با اشاره به این که این شورا به فرمان مرجعی بالاتر از رییس‌جمهوری تشکیل شده و حفظ حرمت آن و اجرای مصوبات آن ضروری است، گفته است برای اولین بار در تاریخ شورا، رئیس جمهور اگر با برخی از مصوبات شورا موافق نباشد، آنها را ابلاغ نمی‌کند.
وی پیشنهاد داده است در صورت تداوم عدم تشکیل جلسات شورا، قوه قضائیه در این خصوص مداخله کند.
درگیری حسن روحانی با برخی از اعضای شورای انقلاب فرهنگی در بخش های دیگر شورایی در کشور، من‌جمله شورای فضای مجازی نیز نمود یافته است و حسن روحانی در مخالفت با اعضای شورا یا نظرات آنها، یا شورا را ترک کرده است یا شرط حضور خود در ادامه‌ی جلسات شورا را عدم حضور این اشخاص در شورا عنوان کرده است.
اعضای شورای انقلاب فرهنگی توسط آیت‌الله خامنه‌ای انتخاب می‌شوند و دستور کار آنها در شورا، رسیدگی به خلا‌های فرهنگی جامعه و نیز خلا‌های فرهنگی سیاست‌گذاری‌ها و ابلاغ‌های فرهنگی دولتی است.
شورای انقلاب فرهنگی بنا بر جایگاه حقوقی خود این حق را دارد که در مقابل سیاست‌گذاری‌های دولت مقاومت کند و یا در راستای تغییر آنها بر اساس سیاست‌های کلی فرهنگی جمهوری اسلامی ایران اقدام کند و تلاش‌ها و برنامه‌های دولت را نادیده بگیرد.
یکی از مهم‌ترین چالش‌های شورای عالی انقلاب فرهنگی با رئیس جمهور در ماه‌های اخیر، اختلاف نظر شورا و شخص رهبری با رئيس جمهور در خصوص سند ۲۰۳۰ است که با وجود تصویب، ابلاغ و اجرای آن در نهاد دولت و توسط رئیس‌جمهور، ابتدا با مخالفت علنی آیت‌الله خامنه‌ای مواجه شد و توسط شورا اجرای آن به حالت تعلیق درآمد.
حالا به علت اختلاف‌های نظری بین رئیس جمهور و شورای انقلاب فرهنگی و مقوامت ريیس جمهور در مقابل تشکیل جلسات شورا و احتمالا تصویب قوانینی که با سیاست‌های کلی فرهنگی ریاست جمهوری اختلاف دارد، رئیس جمهور ترجیح می‌دهد که جلسات شورا را برگزار نکند، و اعضای مخالف در نهاد شورای انقلاب فرهنگی تلاش می‌کنند تا با مشروعیت بخشی به عدم حضور رئیس جمهور در جلسات شورا و عادی سازی آن، به عدم حضور رئیس جمهور در جلسات شورا و ابلاغ قوانینی که بدون حضور رئیس جمهور به تصویب می‌‌رسند، به شورای انقلاب فرهنگی بی‌رئيس جمهور نیز مشروعیت ببخشند.
با این حال، دکتر سعیدرضا عاملی دبیر شورای‌عالی انقلاب فرهنگی گفته است شورا با دستور کار بررسی سند توسعه سلامت جنسی با حضور تمام اعضا در هفته آینده تشکیل جلسه خواهد داد.
سند توسعه سلامت جنسی، سند جایگزین پیشنهادی شورا، به جای سند ۲۰۳۰ است که به دسوتر رهبری اجرای آن در کشور لغو شده است.
