آیت‌الله خامنه‌ای رهبر ایران با درخواست رئیس جمهور در خصوص برداشت از صندوق توسعه ملی به منظور تأمین بخشی از هزینه‌های ناشی از خسارات سیل‌های اخیر مخالفت کرد. وی در عین حال با اشاره به ضروری بودن پیگیری و جبران خسارت‌های مالی سنگین سیل بویژه خسارت‌های وارده بر کشاورزان، در پاسخ به حسن روحانی گفته است خسارت‌ها با استفاده از دیگر محل‌های قانونی موجود جبران شود.
خامنه‌ای همچنین با تاکید بر ضرورت جدیت دستگاه‌های مسئول، از دولت خواسته است اقدامات لازم برای جبران خسارات از محل‌های موجود را سریعا آغاز کند. و همچنین گفته است پس از جمع‌بندی وضعیت و در صورت نیاز، برداشت از صندوق توسعه ملی را تأیید خواهد کرد. وی گفته است رئیس جمهور می‌داند که برداشت از صندوق تنها در صورتی مجاز است که امکان تامین بودجه از سایر مجاری وجود نداشته باشد.
خامنه‌ای همچنین با اشاره به اینکه کمک‌های سایر نهادها من‌جمله نهادهای نظامی و دستگاه‌های مختلف دولتی برای جبران خسارت‌ها کفایت نمی‌کند، به دولت تاکید کرده است با استفاده از امکانات موجود، برای جبران خسارت‌ها وارد عمل شود. وی گفته است دولت از طریق جابجایی در ردیف‌های بودجه‌های عمرانی، بیمه‌ها و تسهیلات بانکی و همچنین پنج درصد مقرر در بودجه‌ی عمومی کشور برای جبران خسارت حوادث غیرمترقبه، این خسارت‌ها را جبران کند.
مخالفت خامنه‌ای با برداشت از صندوق توسعه ملی در حالی عنوان می‌شود که در سال گذشته خامنه‌ای با برداشت حدود دو میلیارد دلار از صندوق توسعه به منظور اختصاص به حوزه نظامی و همچنین صدا و سیما موافقت کرده بود. با وجود این، در سیل اخیر حتی امکانات لجستیکی که با وجود بودجه گزاف نظامی، باید به مقدار کافی در اختیار نیروهای نظامی کشور باشد، به میزان موردنیاز در اختیار مردم و در مناطق سیل‌زده قرار نگرفت و مردم ناگزیر شدند با حداقل امکانات و با دست خالی در مقابل هجوم سیل مقاومت کنند.
مخالفت آیت‌الله خامنه‌ای با برداشت دو میلیون دلاری از صندوق توسعه ملی در حالی انجام می‌شود که طبق آمارهای رسمی دولت، در پی وقوع سیل، حداقل سی و پنج هزار میلیارد تومان خسارت مستقیم به حوزه‌های مختلف از کشاورزی گرفته تا زیرساخت‌ها، به مناطق مسکونی و سایر موارد وارد شده است. خامنه‌ای در ادامه‌ی نامه به دولت دستور داده است نسبت به ایجاد فرماندهی واحد برای مدیریت یکپارچه و انجام اقدامات پیشگیری، آمادگی، مقابله، بازسازی و بازتوانی اقدام کند.
وی همچنین دستور جبران خسارت کشاورزان در حداقل زمان ممکن را صادر کرده و از دولت خواسته است تدابیر لازم و فوری برای بازسازی و تعمیر سریع و ایمن واحدهای آسیب‌دیده مسکونی و هچنین رونق کسب و کار در مناطق سیل زده انجام دهد.
این اظهارات در حالی عنوان می‌شود که آقای خامنه‌ای به خوبی از خزانه خالی دولت مطلع است و می‌داند که دولت برای تامین مایحتاج روزانه دولت با مضیقه و سختی مواجه است.
رونق کسب و کار در مناطق آسیب‌دیده از سیل در حالی توسط خامنه‌ای عنوان می‌شود که در این مناطق، قبل از سیل نیز کسب و کار رونق چندانی نداشته است و جزو محروم‌ترین گروه‌های اجتماعی و بخش‌های محروم استان خوزستان و لرستان بوده‌اند.
حال در شرایطی که کسب و کار در این مناطق پیش از این نیز رونق چندانی نداشته، چطور می‌توان منطقه‌ای آسیب دیده را با دست خالی، و در شرایط تحریم به سرعت تمرین و بازسازی کرد.
برخی از منتقدان اظهار می‌دارند اقدام خامنه‌ای در مخالفت با برداشت از صندوق توسعه ملی بیش از پیش به مشروعیت حسن روحانی لطمه خوهد زد و با توجه به دستوراتی که به دولت داده و قاعدتا ناتوانی دولت در اجرای آنها و ایجاد رونق کسب و کار در جایی که پبش از این هم کسب و کار رونق چندانی نداشته، با ایجاد مطالبات از دولت، مشکلات و چالش‌های پیش روی دولت را بیش از پیش افزایش خواهد داد.
کارشناسان بعید می‌دانند دولت با توجه به کاهش شدید درآمدهای ارزی و همچنین عدم دریافت مجوز برداشت از صندوق، با افزایش تنش‌ها در منطقه مواجه خواهد شد و پیش‌بینی می‌کنند که با شرایط پیش رو و ناتوانی دولت در کاهش مشکلات، بیش از پیش ناامنی و مداخلات امنیتی در منطقه افزایش خواهد یافت.
