در اعتراض به اظهارات حسین روحانی رئیس جمهور ایران در انتقاد از اقدام سپاه در خصوص انفجار خط آهن آق قلا، سردار عزیز جعفری فرمانده کل سپاه با بیان این موضوع که منطقه کل‌آباد در شهرستان آق‌قلا دچار آب‌گرفتگی بوده است، اظهار داشت این کار برای سرعت بخشیدن به تخلیه آب از این منطقه انجام شد.
وی همچنین با بیان این موضوع که اقدام سپاه در انفجار بخشی از راه‌آهن آق‌قلا موثر بوده است اظهار داشته است تراکم اب در منطقه مورداشاره فشار زیادی به مردم وارد می‌آورد و آب منطقه باید فروکش می‌کرد.
وی با گلایه از اظهارات روحانی همچنین ابراز امیدواری کرد دیگر به سپاه تهمت این که آب را از یک ظرف به طرف دیگر انتقال می‌دهد، زده نشود.
جعفری در بخش دیگری از اظهاراتش با اشاره به افزایش برف‌آب‌ها و افزایش ورودی آب، اظهار داشت تخلیه آب از زندگی مردم امکان پذیر نشده است.
وی در عین حال با درخواست کمک از دیگر دستگاه‌ها مانند بسیج و ارتش، برای کمک به سپاه برای تسریع هرچه بیشتر در امر تخلیه آب تاکید کرده است که سپاه در انجام این اقدام مهم همه تلاش خود را خواهد کرد تا بتواند آب را از منازل مردم تخلیه کند. این اظهارات در حالی بیان می‌شود که سپاه به علت در اختیار داشتن امکانات لجستیکی فراوان، از توانایی سخت افزاری برای بازگرداندن زندگی مردم به وضعیت عادی برخوردار است. اساسا بنا گفته کارشناسان حضور سپاه در چارت ستاد فرماندهی مدیریت بحران هم به علت توانمندی سپاه در امدادرسانی فنی و مهندسی پس از وقوع بحران در منطقه است و پمپ‌های عظیم تخلیه آب که سپاه در اختیار دارد بخشی از امکاناتی است که در روزهای اخیر می‌توانست به کمک سیل‌زده‌ها بیاید و کمک کند تا شرایط زودتر به وضعیت عادی برگردد.
حسن روحانی در اولین جلسه ستاد که چند روز پس از وقوع سیل به فرماندهی او در تهران تشکیل شد، با انتقاد از عملکرد سپاه در خصوص تخلیه آب از گنبد که به واسطه انفجار راه‌آهن اق‌قلا صورت گرفت گفته بود از عملکرد سپاه انتقاد کرده و گفته بود سپاه آب را از یک نقطه به نقطه دیگ انتقال داده است.
خود حسن روحانی به علت حضو دیرهنگام در صحنه مورد انتقاد زیادی قرار داشت. با گذشت چندین روز از وقوع حادثه و در حالی که استاندار استان گلستان هم ناپدید شده بود و اقدامات برای فراخوان او بی‌نتیجه بود، حسن روحانی رئیس جمهور نیز بدون هیچ اظهارنظری درباره حادثه، ناپدید شده بود و تا چند روز پس از وقوع سیل، نه پیامی و نه اظهارنظری درباره سیل از او ارائه نشد. برخی از منتقدان اقدام حسن روحانی در انتقاد از اقدام سپاه را به نوعی فرافکنی حسن روحانی برای به حاشیه بردن عدم حضور وی در صحنه‌ی حادثه عنوان کرده‌اند.
