اعترافات یکی از متهمان پرونده هسته‌ای در ایران که پیش از این به اتهام ترور دانشمندان هسته‌ای در ایران زندانی شده بود، و بیش از هفت سال قبل اعترافات او در خصوص نقش وی در ترور دانشمندان از تلویزیون پخش شده بود جنجال‌های زیادی ایجاد کرده است .وی در این اعترافات با بیان این موضوع که وی در خصوص ترور دانشمندان هسته‌ای بیگناه بوده و اعترافات او ساختگی و تحت فشار و شکنجه از او گرفته شده است، اظهار داشت عوامل وزارت اطلاعات نیز به بیگناهی وی اذعان داشته‌اند اما او را ازاد نکرده و گفته‌اند به خاطر خانواده شهدا نمی‌توانند آنها را ازاد کنندوی در ادامه توضیح روشنی در این باره نمی‌دهد که در ادامه چطور پس از اعترافات در تلویزیون ازاد شده و اکنون در المان است، اما تاکید می‌کند که نه تنها او بلکه بیگناهی دیگر متهمان ترور دانشمندان هسته‌ای نیز بنا به گفته مسئولین محرز بوده است. در پی این اظهارات محمود صادقی عضو فراکسیون امید در واکنش به این اعترافات، اظهار داشت مسئولان ذیربط باید درباره درستی یا نادرستی این ادعا که اعترافات متهمان ترور دانشمندان هسته‌ای دروغ بوده، توضیح دهند.وی گفنه است پس از تعطیلات مجلس از وزیر اطلاعات در این خصوص سوال خواهد کرد
برخی از تحلیل‌گران ازادی مازیار ابراهیمی متهم ترور دانشمندان هسته‌ای و همچنین اعترافات او در بی بی سی را نوعی برنامه‌ریزی اطلاعاتی از پیش طراحی‌شده توسط اطلاعات سپاه برای تخریب چهره وزارت اطلاعات و به نمایش گذاشتن چهره مثبت از اطلاعات سپاه عنوان می‌کنند.مازیار ابراهیمی در بخشی از اظهاراتش ازادی خود را تلویحا نتیجه تلاش اطلاعات سپاه عنوان کرد و اظهار داشت خشونت‌ها علیه او و همچنین اصرار بر ادامه بازداشت او در زندان به اصرار وزارت اطلاعات بوده است. برخی تحلیل‌گران نیز عنوان کرده‌اند گرچه ممکن است اختلاف بین اطلاعات سپاه و وزارت اطلاعات در نهایت به ازادی مازیار ابراهیمی منجر شده باشد، اما نباید این واقعیت را نادیده گرفت که در وزارت اطلاعات همچنان ظرفیت‌هایی برای شکل‌گیری حلقه‌های مخفی اطلاعاتی شبیه انچه پرونده‌ی قتل‌های زنجیره‌ای را رقم زد و متهم‌های غیرواقعی می‌سازد، وجود دارد.
