در پی انتصاب سردار سلامی به عنوان فرمانده سپاه پاسداران انقلاب اسلامی، محمود علوی وزیر اطلاعات، روز یک شنبه با وی دیدار و ضمن تبریک انتصاب او به فرماندهی کل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی، با بیان این موضوع که بین نیروهای امنیتی کشور همدلی و وفاق وجود دارد، ابراز امیدواری کرد همکاری بین وزارت اطلاعات و سپاه پاسداران انقلاب اسلامی ادامه یابد. وی با اشاره به اینکه در زمان سردار جعفری، همدلی خوبی بین سپاه و وزارت اطلاعات وجود داشته است، اظهار داشت امید وار است وزارت اطلاعات بتواند همراه با سپاه به صیانت از انقلاب اسلامی اقدام کند. در همین حال سردار سلامی نیز با اشاره به اینکه وزارت اطلاعات و سازمان اطللاعات سپاه مکمل هم هستند و وجود هردو برای تکمیل ماموریت امنیتی جمهوری اسلامی ضروری است، با اشاره به اینکه کشور در جنگ اطلاعاتی با دشمنان قرار دارد، هوشمندی و ابتکار عمل و ذهن‌خوانی را از ضرروت‌های جنگ اطلاعاتی برشمرد و خاطرنشان کرد در عرصه اطلاعاتی جمهوری اسلامی از دشمنان جلوتر است. وی همچنین اظهار داشت دشمنان گرچه ظاهری تنومند دارند، اما از درون ضعیف هستند و با عملیات روانی خود را هراسناک و خطرناک جلوه می‌دهند. سلامی با بیان این موضوع که وزارت اطلاعات و سازمان اطلاعات سپاه جز به همدلی به چیز دیگری نمی‌اندیشند گفت این دو نهاد اطلاعاتی و امنیتی با همکاری دقیق توانسته‌اند توطئه‌ها و سناریوهای دشمنان را خنثی کنند و آنها را شکست دهند. سردار سلامی در حالی بر همدلی بین وزارت اطلاعات و سازمان اطلاعات سپاه تاکید دارد که سال‌هاست در مورد موضوعات اصلی و کلیدی بین این دو نهاد اطلاعاتی نه‌تنها همدلی وجود ندارد بلکه این دو نهاد در شناسایی مصادیق امنیتی و جاسوسی دارای اختلافات اساسی هستند و در بسیاری از موارد، آنچه که از نظر سازمان اطلاعات سپاه، مصداق جاسوسی و خیانت به کشور تلقی شده است، از نظر وزارت اطلاعات نه جرم امنیتی بوده و نه جرم جاسوسی.
اخیرترین اختلاف نظر سازمان اطلاعات سپاه با وزارت اطلاعات در زمینه جاسوس تلقی کردن فعالان محیط زیستی است که با وجودی که وزارت اطلاعات تاکنون بارها تاکید کرده است این افراد را جاسوس نمی داند و فعالیت‌های محیط زیستی آنها از مصادیق جاسوسی و خیانت به کشور نیست، اما سازمان اطلاعات سپاه تاکید دارد که جرم این افراد امنیتی بوده است و آنها در غالب فعالیت‌های محیط زیستی اقدام به جاسوسی می‌کرده‌اند.
