على مطهرى نایب رییس مجلس شورای اسلامی در قالب نامه اى به ریاست جديد قوه ى قضائيه مسائل مهمى را در پنج بخش مجزا يادآور شدند .مطهرى در نامه اش، از لزوم تصحيح آئين دادرسى كيفرى ، به ويژه تبصره ى ماده ى 48 آن ، تصميم گيرى در ارتباط با ادامه ى فعاليت دادگاه مخصوص روحانيت و همچنين اعلام جرم دادستانها برعليه نمايندگان مجلس را پديده اى تحير برانگيز دانست .نایب رئيس مجلس سپس با طرح وموضوعى ديگر ، اعلام مى دارد كه كاركرد موازى وزارت اطلاعات با تعدادى از نهادهاى امنيتى است .على مطهرى در نامه ى خود به آقاى رئيسى ، رئيس قوه ى قضائيه در محور اول به دليل مسكوت ماندن اجراى قانون دادرسى كيفرى جديد ، ضمن اشاره به اين موضوع كه در اين قانون اصلاحات خوبى انجام گرفته است در مجلس نهم تبصره ماده ٤٨ آن اضافه شد كه به طور كلى اين تبصره با حق آزاد انتخاب وكيل ، با عدالت و قانون اساسى مغايرت دارد و باعث موج طبيعى تبعيض در بين وكلاى دادگسترى شده گفته كه دستور فرماييد این قانون اجرا نشود . مطهرى سپس در دومين درخواست خود از آقاى رئييسى خواست برخورد با دادستانهايى شود كه عليه نمايندگان مجلس به خاطر نطق ميان دستور آنها اعلام جرم كرده اند تنها به خاطر اينكه نطق آنان با نظر رسمى حكومت انطباق ندارد
على مطهرى در ادامه به موضوع دو سال پيش خود در مشهد اشاره كرد كه در روز اربعين عده اى روحانى از سخنرانى ايشان جلوگيرى نمودند و از آقاى رئيسى در خواست كردند كه به موضوع پرونده ى مسكوت مانده ترتيب اثر دهند مطهرى در چهارمين مطلب خود به پرونده هايى اشاره كردند كه در قوه ى قضائيه مفتوح است به دليل اينكه بين دو نهاد اطلاعاتى كشور ، اختلاف نظر وجود دارد كه در همين زمينه از رياست قوه ى قضائيه درخواست نمودند تا از ورود افراد غير مسئول در اين پرونده ها ممانعت به عمل آيد
نائب رئيس مجلس در آخرين محور به مرداد سال ٩٧ اشاره كردند كه رييس اسبق قوه ى قضاييه با كسب اجازه ى اختيارات خاص از رهبر ، در جهت تسريع در صدور احكام اخلالگران اقتصادى حق درخواست تجديد نظر جز براى محكومان اعدام از متهمان سلب شده كه گويا اين اجازه منحصر به پرونده هاى بحران امسال است و دستور آن هم از اوائل امسال صادر شده اما شنيده ها خبر مى دهد كه اين موضوع برخى پرونده هاى گذشته را نيز شامل شده است كه از آن رییسی درخواست كرده تدابير لازم اتخاذ گردد .
مطهری بخشهایی از مشکلات ساختار قضایی کشور را به رییسی یا د اورشده ولی واقعییت این است که اراده ایدر حاکمییت برای تصحیح ساختار قضایی کشور وجود ندارد . ورییسی نیز چنین ظرفییت و قابلییتی ندارد .
