بروز سیل شدید در کشور که به بی‌خانمانی شمار زیادی از مردم کشور منجر شد و تعدادی را به کام مرگ کشید و خسارت‌های هنگفتی به اقتصاد و کشاورزی وارد آورد، بار دیگر در شبکه های اجتماعی و محافل سیاسی بحث نقش سپاه در تولید معضلات محیط زیستی مطرح کرده است اقدام سپاه در منفجر کردن راه‌آهن آق‌قلا برای بازکردن مسیر سیل، گرچه توسط سردار شریف، سخنگوی سپاه به عنوان یکی از افتخارات سپاه در مدیریت بحران اخیر مطرح شد، اما همین اقدام هم توسط کارشناسان به عنوان یکی از کاستی‌ها و بی‌مسئولیت‌های سپاه مطرح و تاکید شده است که این اقدام نه تنها افتخاری برای سپاه ندارد، بلکه ناشی از این است که سپاه در ساخت راه‌آهن آق‌قلا که توسط قرارگاه خاتم‌الانبیا انجام شده است، ابتدایی‌ترین اصول ایمنی را رعایت نکرده و در این منطقه‌ی سیل‌خیز حتی مجرایی را برای بیرون‌رفت آب پیش‌بینی نکرده است.
حسن روحانی رئیس جمهور ایران نیز در جلسه ستاد مدیریت بحران نیز با اشاره به این اقدام سپاه، آن را مورد انتقاد قرار داده و تاکید کرده بود وقتی مسیر سیل را باز می‌کنند باید توجه داشته باشند که این آب به پایین دست می‌رود و می‌تواند موجب تخریب و نابودی پایین دست بشود.
گرچه اظهارات رئیس جمهور در خصوص سرریز شدن آب ازادشده راه‌آهن آق‌قلا به سمت پایین دست حرف درستی است، اما بنا به گفته کارشناسان، اظهارات وی کارشناسانه نیست، چون در هر صورت منطقه را آب فراگرفته بود و اگر اقدام سپاه در منفجر کردن راه‌آهن هم نبود، سیل منطقه را زیر اب می‌برد و تلفات جانی و مالی گسترده‌تری به بار می‌آورد.
در همین حال اظهارات سخنگوی سپاه در این خصوص که باید هرچه سریع‌تر اقدام برای احداث یا مرمت و آماده سازی پل‌ها و جاده‌ها صورت پذیرد، این شائبه را تقویت کرده که سپاه مجددا با اقدام به بازسازی مناطقی که خود قبلا ساخته بود و خود نیز تخریب کرده است، بار دیگر درصدد است تامنافع مالی زیادی را از طریق این ساخت و سازها کسب کند.
در عین حال، در سیل شدید شیراز هم که پرتلفات ترین سیل در روزهای اخیر بود برخی کارشناسان سپاه متهم است با ساخت و ساز غیرقانونی در مسیل و مسدودکردن مسیر عبور سیل، و همچنین موانعی که در بالادست محل تخریب ایجاد کرده بود و مانع از عبور جریان سیل شده است، در این حادثه نقش داشته است .مداخله سپاه در اقدامات عمرانی و ساخت و سازهای گسترده سال‌هاست مورد انتقاد قرار دارد و بسیاری از کارشناسان بسیاری از دست‌اندازی‌های سپاه به طبیعت را یکی از عوامل تخریب منابع محیط زیستی و هدررفت منابع آبی عنوان می‌کنند و مورد انتقاد قرار می‌دهند.
