آیت‌الله جعفر سبحانی، از مراجع تقلید در قم اختلاط دختران و پسران را منشاء ایجاد فساد در دانشگاه‌ها دانست و گفت: «کنار هم قرار گرفتن دو جنس مخالف هر چقدر که ایمان‌شان بالا باشد، ارتکاب به گناه را اجتناب نا‌پذیر می‌کند.»
به گزارش خبرگزاری مهر ، وی در دیدار رییس و مسئولان دانشگاه «حضرت معصومه»، با ابراز خرسندی از فعالیت این دانشگاه تک جنسیتی که تنها دانشجویان دختر را پذیرش می‌کند، افزود: «خروجی‌های این دانشگاه می‌توانند همگی چراغ اسلام را در دست بگیرند و مبلغ اسلام باشند.»
بنابراین گزارش وی ابراز امیدواری کرده است که فعالیت‌های دانشگاه تک جنسیتی «حضرت معصومه» در قم برای سایر استان‌های کشور «الگو» باشد.
سبحانی با تاکید بر استفاده از استادان زن در این دانشگاه، به راه اندازی مدرسه علمیه برای پنج طلبه زن در سال ۱۳۴۵ اشاره کرده که امروز منجر به ایجاد حوزه علمیه خواهران شده است.
