وزیر امور خارجه ایران بدون نام‌بردن از روزنامه کیهان، به تیتر یک شماره روز سه‌شنبه این نشریه چاپ تهران اشاره کرده و گفته که در پی دیدن این تیتر و گزارش کمردرد و پادرد شدید عصبی گرفته، راهی مطب و بیمارستان شده و اغلب برنامه‌های روزش را لغو کرده است. روزنامه کیهان که همواره مواضعی تند علیه بهبود روابط با آمریکا داشته، روز سه‌شنبه ۱۶ مهر در صفحه اول خود از قول محمدجواد ظریف نوشت: «مکالمه روحانی با اوباما و دیدار طولانی من با جان کری نابجا بود.» این روزنامه تیتر یک امروز خود را هم به ماجرای گفته‌های ظریف اختصاص داد.
محمد جواد ظریف، وزیر خارجه ایران، با انتقاد از نقل‌قول‌های نمایندگان مجلس پس از نشست غیرعلنی کمیسیون امنیت ملی، اظهار داشت که از این پس نمایندگان انتظار اظهارنظر در جلسه غیرعلنی نداشته باشند.
ظریف روز یکشنبه در کمیسیون امنیت ملی و سیاست خارجی مجلس درباره سفر نیویورک با نمایندگان جلسه غیرعلنی داشت.
پس از این نشست برخی از نمایندگان اصولگرا، اظهاراتی به ظریف درباره مکالمه روحانی با اوباما و دیدار با جان کری منتسب کردند که با واکنش وزارت خارجه و شخص وزیر مواجه شد.
حسین نقوی سخنگوی این کمیسیون پس از این نشست گفت: «ظریف اشاره کرد ما فکر می‌کردیم مکالمه‌ها و گفتگوها در حدی که انجام شد در این حد مجوز داریم ولی وقتی حضرت آقا اشاره کردند برداشت ما این است که ایشان اولا به گفتگوی اوباما با دکتر روحانی انتقاد دارند و این را یکی از اقدامات نابجا می‌دانند و طولانی شدن مذاکرات بنده و جان‌کری را اقدامات نابجای بعدی می‌دانند.»
پس از آن بود که روزنامه کیهان به مدیر مسئولی حسین شریعتمداری هم در تیتر اول خود به نقل از ظریف نوشت: «مکالمه روحانی با اوباما و دیدار طولانی من با جان کری نابجا بود.»
در واکنش به نقل‌قول‌هایی که نمایندگان به ظریف منتسب کردند، وزیر خارجه ایران، سه‌شنبه شب، ۱۶ مهرماه به این رویه نمایندگان انتقاد کرده و نوشت چنین برخوردهایی او را روانه بیمارستان کرده است.
در همین حال روز سه‌شنبه مرضیه افخم سخنگوی وزارت خارجه هم در موضعی رسمی اعلام کرد برداشت‌های نمایندگان از سخنان ظریف «دقیق منتشر نشده و تیترهای برخی جراید فاقد صحت است و تکذیب می‌شود.»
با این حال منصور حقیقت‌پور نائب رییس کمیسیون امنیت ملی مجلس روز سه‌شنبه، در مصاحبه با تسنیم عنوان کرد محمد جواد ظریف در نشست غیرعلنی این کمیسیون گفته است که «از نظر ما مکالمه تلفنی رییس‌جمهور با اوباما جزء آن مصادیق نابجا بودن مدنظر رهبر انقلاب اسلامی بوده و تصمیم اشتباهی گرفته‌اند.»
در همین روز سخنگوی کمیسیون امنیت ملی پس از جنجالی شدنش اظهاراتش در مصاحبه با خبرگزاری مجلس، خبر کیهان را تکذیب کرد اما کیهان در شماره روز چهارشنبه خود نوشته است که این نماینده اصل حرفش را تکذیب نکرده و گفته که در گزارش کتبی کمیسیون امنیت ملی چنین چیزی وجود ندارد.
کیهان در شماره چهارشنبه خود هم در حمله‌ای دیگر به محمدجواد ظریف تیتر یک خود به وی اختصاص داد و نوشت: «برخورد صادقانه ظریف خط سازش را به هم زد.»
سفر حسن روحانی به نیویورک و ماجرای مکالمه تلفنی روسای جمهور ایران و ایالات متحده همچنان با واکنش های موافقان و مخالفان در ایران روبروست. اغلب مقامات ایرانی از این موضع‌گیری‌ها استقبال کرده‌اند. از جمله محمدعلی جعفری، فرمانده سپاه پاسداران اسلامی، از مواضع آقای روحانی در نیویورک استقبال کرده و آنها را مناسب و مقتدرانه خوانده اما گفته است که مکالمه تلفنی «باید به بعد از اقدامات عملی آمریکا موکول می‌شد.» همچنین آیت‌الله خامنه‌ای هم گرچه از اقدامات دیپلماتیک مقامات دولت ایران حمایت کرد، اما گفت برخی از این اقدامات «به‌جا نبود». در همین حال روزنامه کیهان و بخشی از اصولگرایان، سیاست خارجی روحانی را در حالی زیر سئوال می‌برند، که از سخنرانی‌ها و نامه‌های بی‌پاسخ محمود احمدی‌نژاد رییس جمهور پیشین به سران کشورهای غربی و آمریکا به عنوان دستاورد یاد می‌کردند. سخنرانی‌ها و اظهاراتی که به گفته بسیاری، کشورهای جهان را در تحریم‌های ایران هم‌صدا کرد.
