بالاخره با فشار جناح تندرو برای گرفتن سهم برای سعید جلیلی و تیم هوادارش همزمان با تغییرات جدیدی که در وزارت امور خارجه اتفاق افتاده است، حسین امیرعبداللهیان، وزیر امور خارجه جمهوری اسلامی در حکمی علی باقری کنی، برادرزاده مهدی مهدوی‌کنی و برادر داماد خامنه‌ای، را به عنوان معاون سیاسی این وزارتخانه، جایگزین عباس عراقچی یکی از مهم‌ترین اعضای تیم مذاکره‌کننده‌ی هسته‌ای کرد تا تغییر روند مذاکرات به روشنی هم برای فاالان سیاسی و مدنی در داخل و هم مذاکره‌کننده‌ها در خارج مشخص باشد.
علی باقری برادر داماد خامنه‌ای، و یکی از خاندان بزرگ باقری کنی یکی از پرنفوذترین خانواده‌ی سیاسی در ایران و برادرزاده مهدوی کنی رئیس و بنیانگذار دانشگاه امام جعفرصادق است، که تقریبا تمامی نیروهای جدید انقلابی در این دانشگاه پرورش می‌یابند.
علی باقری طی سال‌های اخیر از جدی‌ترین مخالفان برجام نیز بوده است. عباس عراقچی یکی از محبوب‌تربن افراد تیم دیپلماسی حسن روحانی و علاوه بر اینکه مورد تایید نظام است، یکی از کاربلدتربن دیپلمات‌های جمهوری اسلامی ایران است و بسیاری خوش‌بینانه، امیدوار بودند که عباس عراقچی نه تنها در تیم مذاکره‌کننده‌ی هسته‌ای باقی بماند، بلکه همچنان سرپرست تیم مذاکره‌کننده‌ی هسته‌ای باقی بماند.
علی باقری نیز پیش از این و در جریان مذاکرات هسته‌ای در دولت محمود احمدی‌نژاد از اعضای تیم مذاکره کننده هسته‌ای جمهوری اسلامی و از دستیاران سعید جلیلی بود.
در این دوره پرونده هسته‌ای ایران تحت نظر شورای عالی امنیت ملی اداره می‌شد و دورانی بود که بسیاری از تحلیلگران و کارشناسان از آن تحت عنوان دوره‌ی مذاکره برای مذاکره یاد می‌کنند و تاکید دارند که در این دوره، مذاکره‌کنندگان بدون اقدام و مذاکره‌ی دیپلماتیک خاصی بخش عمده‌ی وقت مذاکرات را به تکرار بدبهیات و گفتگو به جای مذاکرات نتیجه‌محور اختصاص دادند. حال مشخص نیست که باقری چگونه میتواند به سیاست احیا برجام عمل کند.
