در پی ترور محسن فخری زاده از کارشناسان هسته ای و عضو وزارت دفاع که از سوی اسراییلی ها به عنوان مسئول پرونده بخش نظامی پرونده هسته ای ایران مطرح می شد ، و ادامه ابهام‌ها در خصوص چگونگی دسترسی تیم ترور به اطلاعات محرمانه فردی مانند فخری‌زاده با بالاترین سطح امنیتی، بار دیگر موضوع نفوذ را به مهم‌ترین چالش امنیتی جمهوری اسلامی تبدیل کرده است. این در حالی است که پس از آخرین ترورهای دانشمندان هسته‌ای سپاه با بیان این موضوع که وزارت اطلاعات توان حفاظت از دانشمندان را ندارد، عهده‌دار حفاظت آنها شده است.
برخی از تندروها از جمله کریمی قدوسی نماینده اصولگرای مجلس که رابطه نزدیکی با نهاد رهبری دارد با اشاره به اینکه درباره فخری زاده بالاترین سطح حفاظتی اعمال می‌شده است، این ادعا را مطرح کرده‌اند که فخری‌زاده در دیداری با رییس آژانس بین‌المللی انرژی اتمی حضور داشته و علیرغم تاکیدات در خصوص مخفی ماندن وی، تیم‌های اطلاعاتی که در قالب بازرسان آژانس به ایران سفر کرده‌اند، توانسته‌اند به فخری زاده دسترسی پیدا کنند و از این اطلاعات برای ترور وی استفاده کنند.
ضمن اینکه در برخی از تحلیل‌ها به کم‌توجهی تیم روحانی برای لودادن اطلاعات مربوط به وی به تیم‌های بازرسی تاکید شده است و این موضوع مورد تاکید قرار گرفته که برجام امکان دسترسی به این اطلاعات را در اختیار سرویس‌های اطلاعاتی بیگانه قرار داده است.
این در حالی است که بر اساس برخی گزارش‌ها، تیم‌های اطلاعاتی و جاسوسی غربی پیش از این تاکید کرده بودند که اطلاعات اصلی و محرمانه در خصوص فعالیت‌های هسته‌ای ایران و همچنین متخصصان هسته‌ای ایران از طریق تصاویری که در دوره احمدی نژاد در بازدید از تاسیسات هسته‌ای منتشر شد در اختیار این دستگاه‌های امنیتی و جاسوسی قرار گرفته است. همچنین در این گزارش‌ها تاکید شده است که چهره‌های افراد و کارشناسان شاخص در این خصوص از طریق همین تصاویر شناسایی شده و در اختیار سرویس‌های اطلاعاتی بیگانه قرار گرفته است.
در عین حال،هم سازمان انرژی اتمی بسیاری از اصولگراها، اظهارات کریمی قدوسی در خصوص دیدار رییس آژانس بین‌المللی انرژی اتمی با فخری زاده را تکذیب کرده و اظهارات او را در این خصوص نادرست خوانده‌اند.
با اینوصف برخی تحلیل‌گران معتقدند ماموریت کریمی قدوسی تخریب برجام و روحانی بوده که این کار راا هم با موفقیت انجام داده است و تکذیب اظهارات او اگر به صدها نفر هم برسد تغییری در اصل موضوع و هدفی که وی از این تخریب مدنظر داشته ایجاد نمی‌کند.
ابهام‌ها در خصوص چگونگی ترور فخری‌زاده نیز همچنان ادامه دارد که اظهارات ضد و نقیض و انتشار اخبار متناقض در این خصوص نیز به آن دامن می‌زند. انتشار اخباری در لحظات نخست اعللام حادثه، در خصوص این موضوع که همسر و نزدیکان فخری‌زاده همراه وی حضور داشته‌اند، و همچنین اشاره به این موضوع که افرادی نیز همراه با او جان باخته اما از هویت انها اطلاعی در دست نیست، و بعد اظهارات همسر وی درباره‌ی وی، و نیز عدم انتشار هیچ گزارشی در این خصوص که چه کسانی همراه با وی کشته شده‌اند، بر ابهامات در این خصوص دامن زده است.
آیتا له خامنه ای رهبر جمهوری اسلامی وحسن رییس جمهور و جواد ظریف وزیر خارجه نیز در پیامهایی اسراییل را مسئول این عملیات دانستند و خواستار پاسخگویی شدند . در این میان حسن روحانی در سخنانی گفت که اسراییل قصد تحریک دارد که امکانات دیپلماسی و امکانات باز گشت آمریکا به برجام را تخریب کند . سخنگوی دولت نیز گفت ایران پاسخ به این اقدام را خواهد داد ولی در زمینی که خود تعیین خواهد کرد .نمایندگی ایران در سازمان ملل نیزطی نا مه ای به دبیرکل سازمان ملل اسراییل را مسئول این عملیات دانست و خواستار رسیدگی به این موضوع شد .اسراییل تاکنون در این مورد سکوت کرده ولی فرمانده ارتش این کشوراز آمادگی این کشور برای مقابله با خطرات سخن گفته است .
در این میان ترور فخری زاده بار دیگر نیروهای تندرو در داخل را به اظهارات تند و افراطی در خصوص برخورد با عاملان این رخداد تقویت کرده و حسین شریعتمداری در اولین واکنش خود نسبت به این حادثه خواستار حمله به حیفا شد و با اشاره به اظهاراتی که پیش از این مطرح شده، اظهار داشت جمهوری اسلامی پیش از این گفته است که در صورت وقوع چنین رخدادهایی به حیفا حمله خواهد کرد و حال با ترور فخری زاده باید به ادعای خود عمل کند.
در همان حال عباس عبدی تحلیل گر سیاسی ضمن انکه اظهارات شریعتمداری را خالی بندی خوانده تاکید کرده است که جمهوری اسلامی به جای حمله به حیفا باید در جستجوی یافتن حفره‌های امنیتی و نگران نفوذ سرویس‌های جاسوسی در محرمانه‌ترین لایه‌های امنیتی نظام هستند.
اظهارات در خصوص ضرورت واکنش در برابر این اقدام و ترور فخری زاده نیز ضد و نقیض بوده است. گرچه بسیاری بر ضرورت برخورد با عاملان این اقدام تاکید کرده و خواستار انتقام‌گیری در این خصوص شده‌اند، اما برای اولین بار در جمهوری اسلامی، سپاه اظهاراتی که از قول سردار سلامی رئیس سپاه پاسداران انقلاب اسلامی در خصوص انتقام سخت از عاملان ترور فخری زاده منتشر شده بود، تکذیب کرد. سردار دهقان با رد اظهاراتی که به نقل از سلامی منتشر شده بود اظهار داشت وی این اظهارات را بیان نکرده است. این اولین بار است که جمهوری اسلامی اظهارات در خصوص انتقام از ترور سرداران خود را تکذیب می‌کند.
