شیوع کرونا در ایران و اجبار جمهوری اسلامی به تعطیلی اماکن مذهبی و همچنین توقف فعالیت‌های عمومی مذهبی،من‌جمله زیارت و دیگر مناسک جمعی، چالش‌های زیادی را در پیش روی مذهب قرار داده است
. در عین حال برخی از طرفداران مذهب نیز اعتقاد دارند که کرونا به این دلیل که ناتوانی بشر را یادآوری کرده است و ناتوانی علمی بشر در یافتن راهی برای کنترل بیماری در حالی که تصور می‌شد بشر و دانش بشری توانسته است طبیعت را به طور کامل تسخیر کند، موجب توجه بیشتر و روی آوردن بیشتر بشر به مذهب شده است.
محمدتقی مصباح یزدی، رئیس مؤسسه امام خمینی در بحث‌های اخیر خود با بیان این موضوع که کرونا تلنگری برای بیداری بشر است، ویروس را ابزاری دانست که ناتوانی انسان را به او گوشزد کرده است و آن را تجلی اراده‌ی خداوند دانست که این حقیقت را به انسان یادآوری می‌کند که چیزی بدون اراده‌ی خداوند رخ نمی‌دهد و خداوند بر همه چیز تسلط دارد. مصباح یزدی همچنین با اشاره به اینکه سختی‌ها می‌تواند موجب پیشرفت انسان شوند، اظهار داشت این ویروس توانست کل عالم را زیر و رو کند و به بشر ناتوانی وی در مقابل اراده خداوند را به تصویر بکشد.
وی همچنین با اشاره به اینکه این ویروس به انسان‌ها یادآوری کرد که خداوند هروقت بخواهد می‌تواند تمام نعمت‌ها را از انسان بگیرد، اظهار داشت این ویروس عجز همه حتی دانشمندان را به انسان گوشزد کرد.
افراد و گروه‌های مذهبی در خصوص نقش کرونا در زندگی انسان در دوره‌ی معاصر و تاثیری که کرونا بر شرایط فعلی زیستی بشر گذاشته است، تاکید دارند کرونا مانند هر بیماری دیگری راه را برای دستیابی ایران به کمال هموار کرده است و زمینه‌ای را ایجاد کرده است تا انسان بتواند از این بیماری برای رشد فهم و معرفت و ایمان خود استفاده کند. بسیاری از باورمندان مذهبی با اشاره به اینکه بلاها زمینه‌ی تکامل انسان را فراهم می‌کنند کرونا را عاملی تلقی می‌کنند که زمینه‌ساز توجه مومنان به قضا و قدر و فراهم آوردن زمینه برای آرامش روحی و دعا و تضرع آنها شده است.
در همین راستا تعطیلی امکان مذهبی و توقف فعالیت‌های جمعی دینی نیز در کنار تلاش ها برای بااهمیت جلوه دادن دین در شرایط شیوع کرونا، بسیاری از افراد و گروه‌های مذهبی را واداشته است تا ضمن اعتراض به تعطیلی این اماکن، مکان‌ها و فعالیت‌های مذهبی را محملی برای مقابله کرونا عنوان و تاکید کنند که در شرایطی که ناتوانی بشر در مقابله با کرونا به اثبات رسیده است، تنها از طریق توسل به امکان مذهبی و نیز تداوم رفتارهای جمعی مذهبی می‌توان بر این بیماری غلبه کرد. بسیاری از افراد مذهبی و روحانیون در روزهای پس از تعطیلی حرم‌ها و مساجد در ایران بارها تاکید کرده‌اند این اماکن خود فرصتی برای مقابله با بیماری کرونا هستند و تعطیلی آنها با سلب فرصت شفا از مردم، موجب تداوم بیماری خواهد شد.
در روزهای اولیه‌ی تعطیلی اماکن مذهبی برخی از کنشگران مذهبی با تاکید بر اینکه خود حرم‌ها مکان‌هایی برای گرفتن شفا هستند و برای مقابله با بیماری نه تنها نباید انها را تعطیل کرد بلکه باید از فرصت حضور در آنها برای گرفتن شفا و درمان بیماری استفاده کرد، نسبت به تعطیلی این اماکن وانکش‌های تندی نشان دادند که در ادامه مجبور به هم‌نوای با گروه‌های علمی و اظهارنظرهای تخصصی علمی در این خصوص شدند.
حال که با تلاش‌های شخص آیت‌الله خامنه‌ای رهبر جمهوری اسلامی و برخی از افراد مذهبی برای بازگشایی اماکن مذهبی، برخی از این مکان‌ها به تدریج در حال بازگشایی تدریجی و پلکانی هستند، تلاش‌های افراد و روحانیون برای تاکید بر اهمیت این بازگشایی در مقابله با بیماری کرونا بیش از پیش افزایش یافته است.
در همین حال محمدمهدی میرباقری نماینده مردم البرز در مجلس خبرگان رهبری، در روزهای اخیر در طی سخنرانی خود که آن را در حرم حضرت معضومه در قم برگزار کرده بود با اشاره به اینکه رفت و آمد به حرم‌ها و باز بودن آنها باعث نزول رحمت می‌شود اظهار داشت باز بودن درهای حرم موجب رفع بلا می‌شود و هزار خیر نازل و تقسیم می‌شود. وی همچنین تعطیلی این اماکن را بلایی دانست که باید برای رفع آن دعا کرد و با وجود تعطیلی باید همچنان بر زیارت و توجه به زیارت تاکید داشت.
وی در یک برنامه‌ی تلویزیونی هم با اشاره به مرگ و میرهای گسترده‌ای که در دیگر بخش‌های کشور به علت بیماری‌های مختلف و حوادث و تصادفات رخ می‌دهد و همچنین با اشاره به مرگ و میرهای گسترده در افریقا عنوان کرده بود که به خاطر این بیماری‌ها و مرگ و میرها هیچ شهر و کشوری قرنطینه نمی‌شود، عنوان کرده بود که وقتی به خاطر کرونا که مرگ و میرهای بسیار کمتری دارد، تمام جهان قرنطینه شده‌اند، نشان‌دهنده این موضوع است که پشت صحنه توطئه‌ای وجود دارد.
اظهارات وی البته مورد اعتراض قرار گرفته و برخی ناظران تاکید کرده‌اند که با توجه به اینکه تقریبا تمام کشورهای جهان در قرنطینه قرار دارند و چه بسا قرنطینه‌های بسیار سخت‌تری نیز اعمال کرده‌اند، اظهارت میرباقری نشان می‌دهد که تمامی این کشورها علیه خود توطئه کرده‌اند.
همچنین در ماه‌های اخیر نسبت به اینکه تربیون تلویزیون که باید هدف ارتقای آگاهی عمومی و دور کردن مردم از جهل و بی‌اطلاعی را در دستورکار خود قرار دهد، انتقادات زیادی نسبت به این رسانه شده است.
