واکنش‌ها به نامه سرگشاده محمد یزدی، رئیس سابق قوه قضائیه و دبیر جامعه مدرسین حوزه علمیه قم به آیت‌الله شبیری زنجانی، همچنان ادامه دارد.
افراد همسو با جریان فکری یزدی و موافقین با او نظر متفاوتی دارند. احمد سالک کاشانی نماینده مجلس شورای اسلامی و عضو جامعه روحانیت مبارز با بیان این موضوع که نامه آیت‌الله یزدی به جا بود، و دخالت در چنین موضوعاتی، جایگاه مرجعبت را مخدوش می کند، گفته است شبیری زنجانی نباید در مسائل و عناصر سیاسی جامعه دخالت کند.
سالک گفته است منظور اقای یزدی این بوده است که آیت الله زنجانی شبیری بداند در دام کسانی افتاده که راس و عناصر فتنه 88 هستند و هدایت و حضور آنها در این فتنه روشن بوده است.
در همبن حال و در این کشاکش، آیت‌الله سید محمد غروی، عضو ارشد جامعه مدرسین حوزه علمیه قم نیز ضمن ابراز بی‌اطلاعی از بیانیه مجمع عمومی این تشکل در دفاع از آیت‌الله یزدی، گفته است بهتر است این مساله رها شود.
مجمع عمومی جامعه مدرسین در واکنش به نامه آیت‌الله یزدی به آیت‌الله شبیری زنجانی، با صدور بیانیه‌ای، با اشاره به اینکه برخی در پی بهانه برای زدودن غبار از چهره فتنه‌گران هستند، تاکید کرده بودند موضوع این نامه آنقدر مهم نبوده که لازم باشد عده ای فریاد وااسلاما و وامرجعا سر دهند.
مجمع در این نامه تاکید کرده است آیت‌الله یزدی با این نامه خواسته است جایگاه مرجعیت آیت الله شبیری را ارتقا دهد نه انکه آن را تضعیف کند.
در پایان هم مجمع عمومی جامعه مدرسین حوزه علمیه قم تاکید کرده است که نامه
آقای محمد یزدی را در راستای صیانت و حراست از جایگاه مرجعیت می‌داند.
در ادامه انتقادها از نامه آیت‌الله یزدی نیز، محمدجواد حجتی کرمانی با بیان این موضوع که آقای یزدی هر چه داد دارند بر سر او بزند ، اما از خط و نشان کشیدن برای یک مرجع تقلید ابراز پشیمانی کند گفته است ایشان این ابراز پشیمانی را برای حفظ حرمت خودشان بکند و بیش از این به خودش بی‌احترامی نکند.در همین حال، مهدی کروبی، در حصر نیز در واکنش به نامه محمد یزدی، دبیر جامعه مدرسین حوزه علمیه قم، به آیت‌الله شبیری زنجانی، از وجود قرارگاه‌هایی برای خواسته‌های فراقانونی مراکز قدرت در کشور سخن گفته و یزدی را یکی از فعال‌ترین افراد این مراکز معرفی کرده است.نامه سرگشاده آقای یزدی به آیت الله شبیری، در پی انتشار تصویری از دیدار آیت‌الله شبیری زنجانی با عبدالله نوری، وزیر کشور دولت اصلاحات، سیدمحمد موسوی خویینی‌ها، دبیر مجمع روحانیون مبارز، رئیس دولت اصلاحات، غلامحسین کرباسچی، دبیر کل حزب کارگزاران سازندگی، عبدالمجید معادیخواه، وزیر فرهنگ و ارشاد اسلامی در سال‌های ابتدایی انقلاب، منتشر شد.
در پی این دیدار، آیت‌الله محمد یزدی چند روز بعد با انتشار نامه‌ای به آیت‌الله شبیری زنجانی، به این مرجع تقلید با ادبیات تندی معترض شد و به وی هشدار داد دیگر این‌گونه دیدارها را تکرار نکند.
بر خلاف آنچه موافقان انتشار نامه آیت‌الله یزدی به آیت‌الله شبیری می‌گویند، نامه ایشان هم تحکم‌امیز و هم دستوری بوده است و نه تنها برای ارتقای
جایگاه مرجعیت نبوده، بلکه آیت‌الله یزدی در این دیدار با لحن دستوری به آیت‌الله شبیری فرمان داده بود دیگر چنین دیدارهایی را تکرار نکند
